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- PDB-1nd0: CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nd0
タイトルCATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG
要素(IMMUNOGLOBULIN IGG2A) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / catalytic antibody / cationic cyclization reaction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / multivesicular body / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / immune response / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DP4 / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A / Igk protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Antibody Catalysis of a Cationic Cyclization Reaction
著者: Zhu, X. / Heine, A. / Monnat, F. / Houk, K.N. / Janda, K.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AN APPROPRIATE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
B: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
C: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
D: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
E: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
F: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
G: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
H: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,52416
ポリマ－192,1428
非ポリマー1,3828
水7,098394
1
A: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
B: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子

C: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
D: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7628
ポリマ－96,0714
非ポリマー6914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area37960 Å2
手法PISA
2
E: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
F: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子

G: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
H: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7628
ポリマ－96,0714
非ポリマー6914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area37790 Å2
手法PISA
3
A: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
B: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3814
ポリマ－48,0362
非ポリマー3452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
C: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
D: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3814
ポリマ－48,0362
非ポリマー3452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
F: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3814
ポリマ－48,0362
非ポリマー3452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
G: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
H: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3814
ポリマ－48,0362
非ポリマー3452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.572, 95.164, 141.058
Angle α, β, γ (deg.)75.51, 88.64, 89.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
IMMUNOGLOBULIN IGG2A


分子量: 24219.010 Da / 分子数: 4 / 断片: IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from Ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: 129G1X+ / 参照: UniProt: Q8K0F8, UniProt: Q58EU8*PLUS
#2: 抗体
IMMUNOGLOBULIN IGG2A


分子量: 23816.590 Da / 分子数: 4 / 断片: IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from Ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: 129G1X+ / 参照: UniProt: P01865
#3: 化合物
ChemComp-DP4 / (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide


分子量: 249.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23NOSi
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
126 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1droppH5.5
31.7 Mammonium sulfate1reservoir
410 %(v/v)dioxane1reservoir
50.1 Mtri-sodium citrate dihydrate1reservoirpH5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月4日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 67638 / Num. obs: 53415 / % possible obs: 79.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 78.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / 冗長度: 1.7 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.4 % / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 2598 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NCW

1ncw


解像度: 2.45→50 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2539 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all-53415 --
obs-49304 72.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13520 0 88 394 14002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.088
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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