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万見
- PDB-1ncy: TROPONIN-C, COMPLEX WITH MANGANESE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ncy
タイトルTROPONIN-C, COMPLEX WITH MANGANESE
要素TROPONIN C
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / MUSCLE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


troponin complex / Striated Muscle Contraction / myosin II complex / skeletal muscle contraction / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Troponin C, skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sundaralingam, M. / Rao, S.T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: X-ray structures of Mn, Cd and Tb metal complexes of troponin C.
著者: Rao, S.T. / Satyshur, K.A. / Greaser, M.L. / Sundaralingam, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Structure of Chicken Skeletal Muscle Troponin-C at 1.78 Angstroms Resolution
著者: Satyshur, K.A. / Pyzalska, D. / Rao, S.T. / Greaser, M. / Sundaralingam, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Refined Structure of Chicken Skeletal Muscle Troponin C in the Two-Calcium State at 2-A Resolution
著者: Satyshur, K.A. / Rao, S.T. / Pyzalska, D. / Drendel, W. / Greaser, M. / Sundaralingam, M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: Molecular Structure of Troponin C from Chicken Skeletal Muscle at 3-Angstrom Resolution
著者: Sundaralingam, M. / Bergstrom, R. / Strasburg, G. / Rao, S.T. / Roychowdhury, P. / Greaser, M. / Wang, B.C.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1980
タイトル: X-Ray Diffraction Studies of Troponin-C Crystals from Rabbit and Chicken Skeletal Muscles
著者: Strasburg, G.M. / Greaser, M.L. / Sundaralingam, M.
#5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1976
タイトル: The Amino Acid Sequence of Troponin C from Chicken Skeletal Muscle
著者: Wilkinson, J.M.
履歴
登録1996年6月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPONIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4674
ポリマ－18,2611
非ポリマー2063
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.700, 66.700, 60.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 TROPONIN C


分子量: 18261.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: SKELETAL / 組織: SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P02588
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
135 mg/mlprotein1drop
230 %satammonium sulfate1drop
350 mMsodium acetate1reservoir
45 mM1reservoirMnCl2
51 mM1reservoirNaN3
643 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→8 Å / Num. obs: 29532 / % possible obs: 69 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROLSQ精密化
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータ削減
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.13 -
obs-6380
原子変位パラメータBiso mean: 21.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1271 0 7 124 1402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0040.01
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.34
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5.66
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.34
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.66
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0040.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0335
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.55
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.13
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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