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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ncj | ||||||
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タイトル | N-CADHERIN, TWO-DOMAIN FRAGMENT | ||||||
要素 | PROTEIN (N-CADHERIN) | ||||||
キーワード | CELL ADHESION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mesenchymal cell migration / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / radial glial cell differentiation / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Adherens junctions interactions / desmosome ...mesenchymal cell migration / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / radial glial cell differentiation / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Adherens junctions interactions / desmosome / synaptic vesicle clustering / gamma-catenin binding / neural crest cell development / telencephalon development / neuroepithelial cell differentiation / glial cell differentiation / cell-cell adhesion mediated by cadherin / type B pancreatic cell development / neuronal stem cell population maintenance / alpha-catenin binding / fascia adherens / apicolateral plasma membrane / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Myogenesis / regulation of Rho protein signal transduction / catenin complex / brain morphogenesis / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / blood vessel morphogenesis / postsynaptic specialization membrane / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of myelination / cortical actin cytoskeleton / regulation of axonogenesis / nitric-oxide synthase binding / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane raft / intercalated disc / homeostasis of number of cells / presynaptic active zone membrane / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / striated muscle cell differentiation / synapse assembly / T-tubule / protein tyrosine kinase binding / protein localization to plasma membrane / adherens junction / modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / sarcolemma / cerebral cortex development / cell-cell adhesion / beta-catenin binding / regulation of protein localization / cell-cell junction / cell migration / apical part of cell / lamellipodium / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic density / cell adhesion / neuron projection / cadherin binding / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / enzyme binding / cell surface / protein-containing complex / RNA binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Tamura, K. / Shan, W.-S. / Hendrickson, W.A. / Colman, D.R. / Shapiro, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 1998 タイトル: Structure-function analysis of cell adhesion by neural (N-) cadherin. 著者: Tamura, K. / Shan, W.S. / Hendrickson, W.A. / Colman, D.R. / Shapiro, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ncj.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ncj.ent.gz | 43.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ncj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1ncj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1ncj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23603.465 Da / 分子数: 1 / 断片: TWO-DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: BRAIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15116 | ||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IUM / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.15 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: REMARK 280 HANGING DROP, 20MG/ML PROTEIN REMARK 280 50 MM NA ACETATE, PH 5.0, 15MM CACL2, REMARK 280 1MM UO2 ACETATE | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: drop contains equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 9451 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Rsym value: 0.93 / Net I/σ(I): 12.96 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.12 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 97.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NCG AND 1EDH 解像度: 3.4→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.55 Å / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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