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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nc1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli MTA/AdoHcy nucleosidase complexed with 5'-methylthiotubercidin (MTH) | ||||||
要素 | MTA/SAH nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mixed alpha/beta dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toxic metabolite repair / purine deoxyribonucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, J.E. / Cornell, K.A. / Riscoe, M.K. / Howell, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structure of Escherichia coli 5'-methylthioadenosine/ S-adenosylhomocysteine nucleosidase inhibitor complexes provide insight into the conformational changes required for substrate binding and catalysis. 著者: Lee, J.E. / Cornell, K.A. / Riscoe, M.K. / Howell, P.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nc1.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nc1.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nc1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nc1_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nc1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1nc1_validation.xml.gz | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nc1_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1nc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1nc1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25488.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MTN OR PFS OR B0159 OR Z0170 OR ECS0163 / プラスミド: pPROEX HTa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P24247, UniProt: P0AF12*PLUS, adenosylhomocysteine nucleosidase, methylthioadenosine nucleosidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: PEG 200, sodium acetate, sodium chloride, cobalt chloride, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.8265 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8265 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→47.58 Å / Num. obs: 30742 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Num. unique all: 4819 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NC3 解像度: 2→47.58 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→47.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
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