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- PDB-1nbs: Crystal structure of the specificity domain of Ribonuclease P RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nbs
タイトルCrystal structure of the specificity domain of Ribonuclease P RNA
要素RIBONUCLEASE P RNA
キーワードRNA / Ribonuclease P RNA / P RNA / S-domain
機能・相同性LEAD (II) ION / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Krasilnikov, A.S. / Yang, X. / Pan, T. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the specificity domain of Ribonuclease P
著者: Krasilnikov, A.S. / Yang, X. / Pan, T. / Mondragon, A.
履歴
登録2002年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE Base A240 is a transcriptional artifact.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE P RNA
B: RIBONUCLEASE P RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,47737
ポリマ－100,4202
非ポリマー5,05735
水00
1
A: RIBONUCLEASE P RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,81818
ポリマ－50,2101
非ポリマー2,60817
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RIBONUCLEASE P RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,65919
ポリマ－50,2101
非ポリマー2,44918
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.5, 145.3, 144.6
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: RNA鎖 RIBONUCLEASE P RNA


分子量: 50209.945 Da / 分子数: 2 / 断片: Specificity-domain, S-domain / 変異: U86G, A239C, U89A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
解説: The RNA was produced by vitro transcription with T7 polymerase from a pUC19-based template which contained cloned sequence of the S-domain.
プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 143351
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物...
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: isopropanol, strontium chloride, magnesium chloride, spermine, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlRNA1drop
210.5 %(v/v)isopropanol1reservoir
380 mM1reservoirSrCl2
45 mM1reservoirMgCl2
51.5 mMspermine1reservoir
650 mMMES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9475,0.9293
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.94751
20.92931
反射解像度: 3.15→33 Å / Num. all: 23276 / Num. obs: 23276 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 66.3 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.15→3.24 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1345 / Rsym value: 0.272 / % possible all: 80.9
反射
*PLUS
最低解像度: 33 Å / Num. measured all: 231005 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.9 % / Rmerge(I) obs: 0.272

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.15→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.515
詳細: Bases 143-165, 201-212 in molecule A and 121-124 and 240 in molecule B are disordered; only phosphate backbone could be traced for bases 99 and 101 in both molecules. CNS was also used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30736 1173 5.1 %RANDOM
Rwork0.28043 ---
all0.28179 22853 --
obs0.28179 21680 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.45 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----3.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.515 Å0.5687 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 5802 35 0 5837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0216497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291310124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.21080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.022832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2810.33164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.5284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.350.393
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.58
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48736497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4174.510124
LS精密化 シェル解像度: 3.154→3.235 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 66
Rwork0.354 1260
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 33 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.307 / Rfactor Rwork: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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