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- PDB-1n8j: Crystal Structure of AhpC with Active Site Cysteine mutated to Se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8j
タイトルCrystal Structure of AhpC with Active Site Cysteine mutated to Serine (C46S)
要素Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / AhpC / peroxiredoxin / decamer / antioxidant / peroxidase / alkylhydroperoxide reductase / AhpF
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Wood, Z.A. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Peroxiredoxin Evolution and the Regulation of Hydrogen Peroxide Signaling
著者: Wood, Z.A. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2002年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
B: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
C: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
D: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
E: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
F: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
G: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
H: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
I: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
J: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
K: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
L: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
M: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
N: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
O: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
P: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
Q: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
R: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
S: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
T: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,50220
ポリマ－412,50220
非ポリマー00
水28,6441590
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
B: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
C: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
D: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
E: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
F: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
G: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
H: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
I: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
J: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,25110
ポリマ－206,25110
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28850 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area66480 Å2
手法PISA
2
K: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
L: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
M: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
N: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
O: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
P: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
Q: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
R: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
S: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein
T: Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,25110
ポリマ－206,25110
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29010 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area66590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.080, 107.330, 120.080
Angle α, β, γ (deg.)102.43, 116.22, 98.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a decamer made up of chains A,B,C,D,E,F,G,H,I,J or K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T

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要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase C22 protein / AhpC


分子量: 20625.123 Da / 分子数: 20 / 変異: C46S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: AhpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 4% PEG 4000, 10% isopropyl alcohol, 0.1M Na acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14 %PEG40001reservoir
210 %isopropanol1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoirpH4.5
410 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月19日 / 詳細: double crystal
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→19.99 Å / Num. all: 210095 / Num. obs: 210095 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.17→2.31 Å / % possible all: 74.8
反射
*PLUS
Num. obs: 204205 / % possible obs: 90.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Num. measured all: 836640
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KYG

1kyg
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.17→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 9671 4.6 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.1901 230631 --
obs0.1901 210095 89.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.3883 Å2 / ksol: 0.333622 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.82 Å2-3.04 Å20.6 Å2
2--2.01 Å2-4.81 Å2
3---1.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29120 0 0 1590 30710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 1188 4 %
Rwork0.332 28164 -
obs-28164 74.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.187 / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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