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万見
- PDB-1n5d: CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE TESTICULAR CARBONYL REDUCTASE/ 20BET... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n5d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE TESTICULAR CARBONYL REDUCTASE/ 20BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
要素CARBONYL REDUCTASE/20BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORTCHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / MONOMER / NADP-COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic metabolic process => GO:0006805 / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) activity / prostaglandin-E2 9-reductase / prostaglandin E2 9-reductase activity / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / vitamin K metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Carbonyl reductase [NADPH] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ghosh, D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Porcine Carbonyl Reductase: Structural Basis for a Functional Monomer in Short-Chain Dehydrogenases/Reductases
著者: Ghosh, D. / Sawicki, M. / Pletnev, V. / Erman, M. / Duax, W.L. / Ohno, S. / Nakajin, S.
#1: ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of a Mammalian Steroid Dehydrogenase
著者: Ghosh, D. / Erman, M. / Pangborn, W. / Duax, W.L. / Nakajin, S. / Ohno, S. / Shinoda, M.
履歴
登録2002年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年11月13日ID: 1HU4
改定 1.02002年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONYL REDUCTASE/20BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4423
ポリマ－31,6001
非ポリマー8412
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.530, 58.530, 165.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CARBONYL REDUCTASE/20BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量: 31600.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: Q28960, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: Ghosh, D., (1993) J. Steroid Biochem. Mol. Biol., 46, 103.

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年11月10日 / 詳細: MONOCHROMATORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 10792 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 52
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 55.2 Å / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52 % / 冗長度: 2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→100 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 540 RANDOM
Rwork0.194 --
obs0.194 10792 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.37 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2219 0 53 58 2330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 55.2 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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