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- PDB-1n59: Crystal structure of the Murine class I Major Histocompatibility ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n59
タイトルCrystal structure of the Murine class I Major Histocompatibility Complex of H-2KB, B2-Microglobulin, and A 9-Residue immunodominant peptide epitope gp33 derived from LCMV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus
キーワードIMMUNE SYSTEM / Murine MHC / viral escape / LCMV / immunodominant epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / host cell Golgi membrane / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / host cell Golgi membrane / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / defense response to bacterium / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Achour, A. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Odeberg, J. / Grufman, P. / Sandberg, J.K. / Levitsky, V. / Karre, K. / Sandalova, T. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2002
タイトル: A Structural Basis for LCMV Immune Evasion. Subversion of H-2D(b) and H-2K(b) Presentation of gp33 Revealed by Comparative Crystal Structure Analyses.
著者: Achour, A. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Odeberg, J. / Grufman, P. / Sandberg, J.K. / Levitsky, V. / Karre, K. / Sandalova, T. / Schneider, G.
履歴
登録2002年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2486
ポリマ－89,2486
非ポリマー00
水1,51384
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6243
ポリマ－44,6243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6243
ポリマ－44,6243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.551, 88.574, 120.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13P
23Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISARGARG3AA3 - 2733 - 273
21HISHISARGARG3CD3 - 2733 - 273
12ILEILEASPASP3BB1 - 981 - 98
22ILEILEASPASP3DE1 - 981 - 98
13ALAALATHRTHR1PC2 - 82 - 8
23ALAALATHRTHR1QF2 - 82 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2KB


分子量: 31874.551 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus


分子量: 1045.232 Da / 分子数: 2 / Mutation: C9M / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED / 参照: UniProt: Q9QDK7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG8000, magnesium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.85 Msodium potassium phosphate1reservoir
21 %MPD1reservoir
35 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-Cl1droppH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.018 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月3日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.018 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 46919 / Num. obs: 46919 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 43.1 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 2.06 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 733 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 62.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.95 Å / Num. obs: 20422 / % possible obs: 86.8 % / Num. measured all: 46919 / Rmerge(I) obs: 0.13
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.95 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 62.2 % / Rmerge(I) obs: 0.242

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OSZ

1osz


解像度: 2.95→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 22.217 / SU ML: 0.426 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.504
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2868 986 5 %RANDOM
Rwork0.22904 ---
all0.2319 18616 --
obs0.23195 18616 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.531 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å20 Å24.55 Å2
2---7.69 Å20 Å2
3---9.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6260 0 0 84 6344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0216443
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7611.9348753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.8223760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.087151139
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3070.33183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.5558
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4010.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9351.53819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79226175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15832624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6994.52578
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1090tight positional0.070.05
2B1902tight positional0.080.05
3C1957tight positional0.060.05
1A1116loose positional0.285
2B1116loose positional0.025
3C1116loose positional05
1A1090tight thermal0.150.5
2B1902tight thermal0.710.5
3C1957tight thermal1.50.5
1A1116loose thermal2.5110
2B1116loose thermal3.7510
3C1116loose thermal4.5810
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.392 51
Rwork0.291 1021
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4080.5765-0.09131.3518-0.02050.02960.0086-0.15770.04810.1581-0.07290.07780.1184-0.00340.06430.302-0.0050.00760.2840.00360.10318.1593.25313.604
22.97971.88110.86533.54611.21530.56270.0291-0.0220.05460.01030.01910.00380.00580.0289-0.04830.19280.00680.01480.23460.03520.142216.952-9.7330.624
373.809423.65022.239110.14941.33796.9419-0.5116-0.85371.1488-1.0759-0.35860.6349-0.1198-0.44150.87020.15370.1247-0.02330.14850.0220.090924.50419.82110.51
40.1607-0.8759-0.2112.6679-0.87421.39440.0499-0.045-0.0196-0.1021-0.1171-0.08780.07190.03910.06720.7001-0.02240.12570.488-0.00590.21042.3427.3945.987
53.1705-2.28310.20223.90380.17391.8054-0.02280.01170.12720.2373-0.24070.18460.2353-0.12480.26350.7971-0.07280.150.532-0.05450.191-8.4920.41352.982
613.792421.627930.95150.569816.981647.1264-0.20291.4411-2.03840.91821.285-0.6182-1.00120.5927-1.0820.4482-0.08420.04740.5691-0.04230.2233.942-9.26152.923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1822 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1AA183 - 273183 - 273
3X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 981 - 98
4X-RAY DIFFRACTION3PC2 - 82 - 8
5X-RAY DIFFRACTION4CD2 - 1822 - 182
6X-RAY DIFFRACTION4CD183 - 273183 - 273
7X-RAY DIFFRACTION5DE1 - 981 - 98
8X-RAY DIFFRACTION6QF2 - 82 - 8
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.89

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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