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- PDB-1n56: Y-family DNA polymerase Dpo4 in complex with DNA containing abasi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n56
タイトルY-family DNA polymerase Dpo4 in complex with DNA containing abasic lesion
要素
  • 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*AP*TP*(3DR)P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / Y-family / DNA polymerase / DNA lesion bypass / protein-DNA complex / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ling, H. / Boudsocq, F. / Woodgate, R. / Yang, W.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Snapshots of replication through an abasic lesion; structural basis for base substitutions and frameshifts.
著者: Ling, H. / Boudsocq, F. / Woodgate, R. / Yang, W.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a Y-familyDNA polymerase in action: a mechanism for error-prone and lesion-bypass replication
著者: Ling, H. / Boudsocq, F. / Woodgate, R. / Yang, W.
履歴
登録2002年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年8月4日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*AP*TP*(3DR)P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*CP*AP*TP*(3DR)P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,33112
ポリマ－99,2046
非ポリマー1,1276
水8,953497
1
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*AP*TP*(3DR)P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
A: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1586
ポリマ－49,6023
非ポリマー5563
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*CP*AP*TP*(3DR)P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1746
ポリマ－49,6023
非ポリマー5723
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.016, 102.358, 105.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*A)-3'


分子量: 4418.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*AP*TP*(3DR)P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 4925.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: primer / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA polymerase IV / E.C.2.7.7.7 / dpo4 / Pol IV / Repair DNA polymerase of the DinB/UmuC superfamily / dinP


分子量: 40257.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: dpo4 / プラスミド: pet22bB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97W02

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非ポリマー , 4種, 503分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG 3350, 0.1M Hepes, 100mM calcium acetate, 2.5% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Hepes11
3calcium acetate11
4glycerol11
5PEG 335012
6glycerol12
7calcium acetate12
8Hepes12

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200HB / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.9 Å / Num. all: 42232 / Num. obs: 39503 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / Biso Wilson estimate: 64.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.399 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JX4

1jx4


解像度: 2.4→29.9 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 980 -RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 39503 93.6 %-
all-42232 --
原子変位パラメータBiso mean: 66.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5486 1238 64 497 7285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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