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万見
- PDB-1n4x: Structure of scFv 1696 at acidic pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n4x
タイトルStructure of scFv 1696 at acidic pH
要素
  • immunoglobulin heavy chain variable region
  • immunoglobulin kappa chain variable region
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-II region 26-10 / Anti-CEA 79 single chain Fv / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lescar, J. / Brynda, J. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Rezacova, P. / Sedlacek, J. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of a single-chain Fv fragment of an antibody that inhibits the HIV-1 and HIV-2 proteases.
著者: Lescar, J. / Brynda, J. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Rezacova, P. / Sedlacek, J. / Bentley, G.A.
履歴
登録2002年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / software
Item: _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 ..._pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: immunoglobulin kappa chain variable region
H: immunoglobulin heavy chain variable region
M: immunoglobulin kappa chain variable region
I: immunoglobulin heavy chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0836
ポリマ－52,0124
非ポリマー712
水9,548530
1
L: immunoglobulin kappa chain variable region
H: immunoglobulin heavy chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0413
ポリマ－26,0062
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
2
M: immunoglobulin kappa chain variable region
I: immunoglobulin heavy chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0413
ポリマ－26,0062
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.930, 61.210, 57.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin kappa chain variable region / scFv 1696 molecule 1 / monoclonal antibody 1696


分子量: 12452.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99M37, UniProt: P01631*PLUS
#2: 抗体 immunoglobulin heavy chain variable region / scFv 1696 molecule 2 / monoclonal antibody 1696


分子量: 13552.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q921A6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.69 %
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 Msodium citrate1reservoirpH3.5
217.5 %PEG40001reservoir
30.175 Mammonium sulfate1reservoir
45 mg/mlprotein1drop
510 mMTris-HCl1droppH7.3

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年1月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 45422 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4.89 % / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.2 % / 冗長度: 3.34 % / Num. unique obs: 5930 / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 6.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 2280 -RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.227 49892 --
obs0.227 45422 91 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3656 0 2 530 4188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.34
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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