PDB-1n3k: Solution structure of phosphoprotein enriched in astrocytes 15 kD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n3k

タイトル

Solution structure of phosphoprotein enriched in astrocytes 15 kDa (PEA-15)

要素

Astrocytic phosphoprotein PEA-15

キーワード

APOPTOSIS / DEATH EFFECTOR DOMAIN / SIX HELIX BUNDLE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of D-glucose import / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MAPK cascade / apoptotic process / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Hill, J.M. / Vaidyanathan, H. / Ramos, J.W. / Ginsberg, M.H. / Werner, M.H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Recognition of ERK MAP Kinase by PEA-15 Reveals a Common Docking Site Within the Death Domain and Death Effector Domain
著者: Hill, J.M. / Vaidyanathan, H. / Ramos, J.W. / Ginsberg, M.H. / Werner, M.H.

履歴

登録	2002年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n3k.cif.gz	843.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n3k.ent.gz	722 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dez-d 3ol3-d 4tvr-d 5oh3-d 3ask-2 3ol4-d 5n49-d 1im4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Astrocytic phosphoprotein PEA-15

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質	Astrocytic phosphoprotein PEA-15 / PHOSPHOPROTEIN ENRICHED IN ASTROCYTES 15 kDa 分子量: 15061.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PEA15 / プラスミド: pQE-9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z297

#1: タンパク質

Astrocytic phosphoprotein PEA-15 / PHOSPHOPROTEIN ENRICHED IN ASTROCYTES 15 kDa

分子量: 15061.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: PEA15 / プラスミド: pQE-9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z297

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: VARIOUS DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS

-
試料調製

詳細	内容: 1mM protein U-15N,13C / 溶媒系: 10mM sodium phosphate buffer, 1mM DTT, 50uM NaN3
試料状態	イオン強度: 10mM phosphate buffer / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.843	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.843	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2937 NMR-derived restraints, including 2522 NOEs, 308 dihedral angle restraints (121 phi, 95 psi, 84 chi1 and 8 chi2) and 107 3J(NH-Ha) coupling constants

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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