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万見
- PDB-4dez: Structure of MsDpo4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dez
タイトルStructure of MsDpo4
要素DNA polymerase IV 1
キーワードTRANSFERASE / Y-Family / DNA Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase IV / : / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...: / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase IV / : / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nair, D.T. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The PAD region in the mycobacterial DinB homologue MsPolIV exhibits positional heterogeneity.
著者: Sharma, A. / Subramanian, V. / Nair, D.T.
履歴
登録2012年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5361
ポリマ－38,5361
非ポリマー00
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA polymerase IV 1

A: DNA polymerase IV 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0722
ポリマ－77,0722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area1210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.230, 125.230, 142.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV 1 / Pol IV 1


分子量: 38535.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: dinB, dinB1, MSMEG_1014, MSMEG_2294 / プラスミド: PGEX4P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: A0QR77, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 2.4 M NaCl with 0.1 M Na/K phosphate (pH=6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20393 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 23.49
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1996 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXS位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1041 -RANDOM
Rwork0.211 ---
all-20888 --
obs-20354 97.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 0 134 1872

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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