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万見
- PDB-5n49: BRPF2 in complex with Compound 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n49
タイトルBRPF2 in complex with Compound 7
要素Bromodomain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / chemical probe
機能・相同性
機能・相同性情報


unmodified histone reader activity / histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / histone reader activity / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation ...unmodified histone reader activity / histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / histone reader activity / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of erythrocyte differentiation / HATs acetylate histones / perikaryon / nuclear speck / chromatin remodeling / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif ...BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8LW / Bromodomain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bouche, L. / Christ, C.D. / Siegel, S. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Holton, S.J. / Fedorov, O. / ter Laak, A. / Sugawara, T. / Stoeckigt, D. / Tallant, C. ...Bouche, L. / Christ, C.D. / Siegel, S. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Holton, S.J. / Fedorov, O. / ter Laak, A. / Sugawara, T. / Stoeckigt, D. / Tallant, C. / Bennett, J. / Monteiro, O. / Saez, L.D. / Siejka, P. / Meier, J. / Puetter, V. / Weiske, J. / Mueller, S. / Huber, K.V.M. / Hartung, I.V. / Haendler, B.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Benzoisoquinolinediones as Potent and Selective Inhibitors of BRPF2 and TAF1/TAF1L Bromodomains.
著者: Bouche, L. / Christ, C.D. / Siegel, S. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Holton, S.J. / Fedorov, O. / Ter Laak, A. / Sugawara, T. / Stockigt, D. / Tallant, C. / Bennett, J. / Monteiro, O. / Diaz- ...著者: Bouche, L. / Christ, C.D. / Siegel, S. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Holton, S.J. / Fedorov, O. / Ter Laak, A. / Sugawara, T. / Stockigt, D. / Tallant, C. / Bennett, J. / Monteiro, O. / Diaz-Saez, L. / Siejka, P. / Meier, J. / Putter, V. / Weiske, J. / Muller, S. / Huber, K.V.M. / Hartung, I.V. / Haendler, B.
履歴
登録2017年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_contact_author
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_contact_author.email

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 1
B: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8773
ポリマ－31,5062
非ポリマー3711
水6,179343
1
B: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1242
ポリマ－15,7531
非ポリマー3711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bromodomain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7531
ポリマ－15,7531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.556, 56.983, 102.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 1 / BR140-like protein / Bromodomain and PHD finger-containing protein 2


分子量: 15753.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD1, BRL, BRPF2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95696
#2: 化合物 ChemComp-8LW / 2-(1,3,6-trimethyl-2-oxidanylidene-benzimidazol-5-yl)benzo[de]isoquinoline-1,3-dione


分子量: 371.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM bis-tris pH 6.5, 30% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→38.07 Å / Num. obs: 34549 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.94→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.452 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22911 1728 5 %RANDOM
Rwork0.18101 ---
obs0.1834 32821 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.94→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1932 0 28 343 2303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0191994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1341.9922691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1173.0014401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5135234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96323.084107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.84115367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6131525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3492.25942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3512.244941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1573.351174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1563.3571175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3682.6531052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3712.6541050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2523.8191515
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.91519.7132689
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.70418.6812491
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.737→1.782 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 118 -
Rwork0.276 2232 -
obs--91.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5819-0.06-0.59190.04970.10170.9337-0.0048-0.0011-0.00260.01410.0317-0.01040.02290.0107-0.02690.00660.00960.00490.0511-0.01170.0376-13.47310.714.98
20.36710.1986-0.43880.1191-0.24920.542-0.0847-0.0277-0.0535-0.03890.013-0.03190.09670.00480.07170.08450.03140.01490.0988-0.00240.0429-13.005-11.8119.262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A554 - 675
2X-RAY DIFFRACTION2B559 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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