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- PDB-1n26: Crystal Structure of the extra-cellular domains of Human Interleu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n26
タイトルCrystal Structure of the extra-cellular domains of Human Interleukin-6 Receptor alpha chain
要素IL-6 Receptor alpha chain
キーワードCYTOKINE / Transmembrane / Glycoprotein / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary neurotrophic factor binding / hepatic immune response / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / T-helper 17 cell lineage commitment ...ciliary neurotrophic factor binding / hepatic immune response / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / T-helper 17 cell lineage commitment / endocrine pancreas development / negative regulation of collagen biosynthetic process / vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / neutrophil mediated immunity / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / monocyte chemotaxis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / acute-phase response / positive regulation of interleukin-6 production / Transcriptional regulation of granulopoiesis / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Potential therapeutics for SARS / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Interleukin-6 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Varghese, J.N. / Moritz, R.L. / Lou, M.-Z. / van Donkelaar, A. / Ji, H. / Ivancic, N. / Branson, K.M. / Hall, N.E. / Simpson, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Structure of the extracellular domains of the human interleukin-6 receptor alpha-chain.
著者: Varghese, J.N. / Moritz, R.L. / Lou, M.-Z. / van Donkelaar, A. / Ji, H. / Ivancic, N. / Branson, K.M. / Hall, N.E. / Simpson, R.J.
履歴
登録2002年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IL-6 Receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5428
ポリマ－36,4101
非ポリマー2,1327
水1,49583
1
A: IL-6 Receptor alpha chain
ヘテロ分子

A: IL-6 Receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,08416
ポリマ－72,8202
非ポリマー4,26414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-y+3/2,x+1/2,z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)51.130, 51.130, 303.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-806-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 IL-6 Receptor alpha chain / Interleukin-6 receptor alpha chain


分子量: 36409.902 Da / 分子数: 1 / 断片: IL-6R extral-cellular domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6R / プラスミド: pEE14sIL6RL325 / 細胞株 (発現宿主): Lec3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO / 参照: UniProt: P08887

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 951.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-2-3-4/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 86分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulphate, PEG 3350, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1droppH8.0
350 mMammonium sulfate1reservoir
418 %PEG33501reservoir
52.5 mMsodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長波長 (Å)
回転陽極MACSCIENCE11.54181.5418
回転陽極RIGAKU RUH3R21.54181.5418
シンクロトロンAPS 14-BM-C311
検出器
タイプID検出器詳細
RIGAKU RAXIS II1IMAGE PLATEYale Mirrors
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATEMonocapillary optics
ADSC QUANTUM 43CCDAPS BM14C optics
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Yale mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Monocapillary opticsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Monocapillary opticsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4APS BM14CSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
211
反射解像度: 2.4→50 Å / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: ab initio built into MIR map

解像度: 2.4→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 731 -Random
Rwork0.22 ---
all0.22 15630 --
obs0.22 15298 97.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.369 Å20 Å20 Å2
2---6.369 Å20 Å2
3---12.737 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 137 83 2580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.3943.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.6194
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.9224
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.1054.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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