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- PDB-6t3f: Crystal structure Nipah virus fusion glycoprotein in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t3f | ||||||||||||
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Title | Crystal structure Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a neutralising Fab fragment | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Fusion Protein / Glycoprotein / Antibody / Fab | ||||||||||||
Function / homology | ![]() membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Avanzato, V.A. / Pryce, R. / Walter, T.S. / Bowden, T.A. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A structural basis for antibody-mediated neutralization of Nipah virus reveals a site of vulnerability at the fusion glycoprotein apex. Authors: Avanzato, V.A. / Oguntuyo, K.Y. / Escalera-Zamudio, M. / Gutierrez, B. / Golden, M. / Kosakovsky Pond, S.L. / Pryce, R. / Walter, T.S. / Seow, J. / Doores, K.J. / Pybus, O.G. / Munster, V.J. ...Authors: Avanzato, V.A. / Oguntuyo, K.Y. / Escalera-Zamudio, M. / Gutierrez, B. / Golden, M. / Kosakovsky Pond, S.L. / Pryce, R. / Walter, T.S. / Seow, J. / Doores, K.J. / Pybus, O.G. / Munster, V.J. / Lee, B. / Bowden, T.A. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 355.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 289.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 55418.305 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
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#2: Antibody | Mass: 22968.492 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
#3: Antibody | Mass: 23991.986 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
#5: Sugar | ChemComp-NAG / Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.05 Å3/Da / Density % sol: 79.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.094 M Tris pH 8.0 and 3.7 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→107.3 Å / Num. obs: 42722 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 25.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.25 Å / Redundancy: 24.3 % / Rmerge(I) obs: 2.231 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2104 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 2.279 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5EVM, 4JO1 Resolution: 3.2→91.116 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.22
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 310.07 Å2 / Biso mean: 114.2593 Å2 / Biso min: 25.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.2→91.116 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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