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- PDB-1n1p: ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @ pH 7.4 (STRE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n1p
タイトルATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @ pH 7.4 (STREPTOMYCES SP. SA-COO)
要素Cholesterol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / STEROID METABOLISM / ATOMIC RESOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol oxidase / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / GMC oxidoreductase, C-terminal / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. ...: / GMC oxidoreductase, C-terminal / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Cholesterol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Vrielink, A. / Lario, P.I.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Atomic Resolution Density Maps Reveal Secondary Structure Dependent Differences in Electronic Distribution
著者: Lario, P.I. / Vrielink, A.
履歴
登録2002年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesterol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0126
ポリマ－54,9701
非ポリマー1,0425
水14,736818
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.273, 72.964, 63.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cholesterol oxidase / CHOD


分子量: 54969.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD COFACTOR NON-COVALENTLY BOUND TO THE ENZYME / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: CHOA / プラスミド: PCO202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P12676, cholesterol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 8000, MANGANESE SULFATE,GLYCINE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 %PEG MW 80001reservoir
275 mM1reservoirMnSO4
3100 mMglycine1reservoirpH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月26日
放射モノクロメーター: CRYST / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→49 Å / Num. obs: 277783 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 0.95→0.97 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 18424 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 2567129
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.22

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: 1MXT

1mxt


解像度: 0.95→49 Å / Num. parameters: 46576 / Num. restraintsaints: 61542 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: THE FOLLOWING ARE RESIDUES THAT WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT: ASP A 6, ASN A 7, GLY A 8, THR A 507 (ONLY N WAS LOCATED), ALA A 508, SER A 509. SOME VERY MOBILE SIDE CHAINS WERE MODELED ...詳細: THE FOLLOWING ARE RESIDUES THAT WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT: ASP A 6, ASN A 7, GLY A 8, THR A 507 (ONLY N WAS LOCATED), ALA A 508, SER A 509. SOME VERY MOBILE SIDE CHAINS WERE MODELED AT EITHER 50% OR WERE NOT MODELLED. THE FOLLOWING ATOMS WERE NOT MODELLED: RES 146 CZ-> END IS MISSING.; RES 183 CD->END IS MISSING.; RES 241 NZ IS MISSING.; RES 436 CG->END IS MISSING.; PARTIALLY OCCUPIED SIDE CHAIN ATOMS MODELED AT 50% FOR THE FOLLOWING: RES 73 ATOMS CD OE1 OE2; RES 127 ATOMS CG 1HG 2HG CE 1HE 2HE NZ 1HZ 2HZ 3H; RES 145 ATOMS CD OD1 OD2; RES 146 ATOMS NE 1HE; RES 156 ATOMS CD 1HD 2HD NE HE CZ NH1 1HH1 2HH1 NH2 1HH2 2HH2; RES 163 ATOMS CE 1HE 2HE NZ 1HZ 2HZ 3HZ; RES 183 ATOMS CD 1HD 2HD; RES 241 ATOMS CE 1HE 2HE; RES 396 ATOMS CD 1HD 2HD NE HE CZ NH1 1HH1 2HH1 NH2 1HH2 2HH2;
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1189 12008 5 %RANDOM
Rwork0.0966 ---
all0.0971 239945 --
obs-239945 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 118 / Occupancy sum hydrogen: 3739.97 / Occupancy sum non hydrogen: 4483.32
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3824 0 62 818 4704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.105
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.08
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.119 / Rfactor Rwork: 0.097
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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