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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n0q | ||||||
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タイトル | 3ANK: A designed ankyrin repeat protein with three identical consensus repeats | ||||||
要素 | 3 ankyrin repeats | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / ANKYRIN REPEAT / ANK | ||||||
機能・相同性 | Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha / トリフルオロ酢酸 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Mosavi, L.K. / Minor Jr., D.L. / Peng, Z.-Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Consensus-derived structural determinants of the ankyrin repeat motif. 著者: Mosavi, L.K. / Minor Jr., D.L. / Peng, Z.-Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n0q.cif.gz | 48 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n0q.ent.gz | 36.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n0q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9938.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 遺伝子: designed consensus ankyrin repeat / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS #2: 化合物 | ChemComp-TFA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→19.96 Å / Num. all: 43548 / Num. obs: 41302 / % possible obs: 99.52 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS Num. unique obs: 2246 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ANK 解像度: 1.26→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.618 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.26→1.293 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.187 / Rfactor Rwork: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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