PDB-1n0q: 3ANK: A designed ankyrin repeat protein with three identical cons...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n0q

タイトル

3ANK: A designed ankyrin repeat protein with three identical consensus repeats

要素

3 ankyrin repeats

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ANKYRIN REPEAT / ANK

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / trifluoroacetic acid

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Mosavi, L.K. / Minor Jr., D.L. / Peng, Z.-Y.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Consensus-derived structural determinants of the ankyrin repeat motif.
著者: Mosavi, L.K. / Minor Jr., D.L. / Peng, Z.-Y.

履歴

登録	2002年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年2月1日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n0q.cif.gz	48 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n0q.ent.gz	36.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n0q_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n0q_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	1n0q_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	1n0q_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n0rC 4ankS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tp9-1 6h49-d 161l-d 4ky3-2 1prr-d 2ou8-d 4ky3-1 4dij-d 1l31-d 131l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3 ankyrin repeats

B: 3 ankyrin repeats

ヘテロ分子

20 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.636, 43.159, 105.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3 ankyrin repeats / 3ANK 分子量: 9938.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 遺伝子: designed consensus ankyrin repeat / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
#2: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HF₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	0.1 M	HEPES	1	reservoir	pH7.0
3	50 %	MPD	1	reservoir
4	30 %	MPD	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→19.96 Å / Num. all: 43548 / Num. obs: 41302 / % possible obs: 99.52 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.8
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.087
反射シェル	PLUS Num. unique obs: 2246 / R_merge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs*: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
EPMR		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ANK

4ank

解像度: 1.26→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18731	2246	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17136	-	-	-
all	0.17136	43548	-	-
obs	0.17218	41302	97.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.618 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1388	0	6	183	1577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.982	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.985	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.254	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	1.5	911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.415	2	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.742	3	500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.336	4.5	474

LS精密化シェル

解像度: 1.26→1.293 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.36	111
R_work	0.298	1649

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2929	0.0448	-0.0411	0.8969	-0.213	2.1069	-0.0032	0.0394	0.022	0.0621	0.0144	-0.024	-0.0328	0.0509	-0.0112	0.0287	0.0048	-0.0069	0.0033	-0.0006	0.0162	23.3897	33.0395	21.3877
2	0.9361	-0.1931	0.6009	1.0746	-0.5134	2.45	0.0345	0.049	-0.0643	0.0096	0.0041	0.0079	0.0577	0.0568	-0.0385	0.0021	-0.0012	-0.0065	0.0138	0.0055	0.0205	15.1895	20.8647	1.3913
3	0.2679	0.0216	0.3139	0.2177	0.2122	0.893	0.0053	0.031	0.0101	0.0563	0.0144	0.015	0.0055	0.0093	-0.0197	0.0347	-0.0032	-0.0069	0.0205	0.0009	0.0448	19.1562	27.4047	11.6488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3134 - 3220

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.187 / R_factor R_work: 0.172

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.41

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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