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万見
- PDB-1mwa: 2C/H-2KBM3/DEV8 ALLOGENEIC COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mwa
タイトル2C/H-2KBM3/DEV8 ALLOGENEIC COMPLEX
要素
  • (2C T CELL RECEPTOR ...) x 2
  • DEV8
  • H-2KBM3 MHC CLASS I MOLECULE HEAVY CHAIN
  • MICROGLOBULIN MHC LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domain / antigen recognition / complementarity determining region
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / respiratory chain complex I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / mitochondrial inner membrane / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / : / T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 / T-cell receptor beta-2 chain C region / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Luz, J.G. / Huang, M.D. / Garcia, K.C. / Rudolph, M.G. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.EXP.MED. / 年: 2002
タイトル: Structural comparison of allogeneic and syngeneic T cell receptor-peptide-major histocompatibility complex complexes: a buried alloreactive mutation subtly alters peptide presentation ...タイトル: Structural comparison of allogeneic and syngeneic T cell receptor-peptide-major histocompatibility complex complexes: a buried alloreactive mutation subtly alters peptide presentation substantially increasing V(beta) Interactions.
著者: Luz, J.G. / Huang, M.D. / Garcia, K.C. / Rudolph, M.G. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年11月27日ID: 1JTR
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2C T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
C: 2C T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
B: 2C T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
D: 2C T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
H: H-2KBM3 MHC CLASS I MOLECULE HEAVY CHAIN
I: H-2KBM3 MHC CLASS I MOLECULE HEAVY CHAIN
L: MICROGLOBULIN MHC LIGHT CHAIN
M: MICROGLOBULIN MHC LIGHT CHAIN
P: DEV8
Q: DEV8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,30820
ポリマ－186,14210
非ポリマー3,16610
水12,160675
1
A: 2C T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
B: 2C T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
H: H-2KBM3 MHC CLASS I MOLECULE HEAVY CHAIN
L: MICROGLOBULIN MHC LIGHT CHAIN
P: DEV8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,55813
ポリマ－93,0715
非ポリマー2,4878
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 2C T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
D: 2C T CELL RECEPTOR BETA CHAIN
I: H-2KBM3 MHC CLASS I MOLECULE HEAVY CHAIN
M: MICROGLOBULIN MHC LIGHT CHAIN
Q: DEV8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7507
ポリマ－93,0715
非ポリマー6792
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)297.899, 95.942, 84.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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2C T CELL RECEPTOR ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 2C T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN / 2C alpha chain


分子量: 22298.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: GenBank: 224220, UniProt: P01738*PLUS
#2: タンパク質 2C T CELL RECEPTOR BETA CHAIN / 2C beta chain


分子量: 26284.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: GenBank: 1791255, UniProt: P01851*PLUS

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タンパク質 , 2種, 4分子 HILM

#3: タンパク質 H-2KBM3 MHC CLASS I MOLECULE HEAVY CHAIN / H-2Kbm3 heavy chain / H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / K-B ALPHA CHAIN


分子量: 31719.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: P01901
#4: タンパク質 MICROGLOBULIN MHC LIGHT CHAIN / microglobulin light chain


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: P01887

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PQ

#5: タンパク質・ペプチド DEV8


分子量: 1064.168 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 54-61 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The peptide is naturally found in Mus musculus (Mouse).
参照: UniProt: Q62425

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糖 , 3種, 6分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 679分子

#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 277.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M TRIS ACETATE, 12% PEG4000, 18% glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.16K

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データ収集

回折平均測定温度: 104 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日
放射モノクロメーター: SI (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 95548 / % possible obs: 99.5 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.453 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→49.39 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.43932 / ESU R Free: 0.2997 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31273 4781 5 %RANDOM
Rwork0.28398 ---
obs0.28543 90694 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2--2.81 Å20 Å2
3----2.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13089 0 209 675 13973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.633
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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