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- PDB-1mvf: MazE addiction antidote -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvf
タイトルMazE addiction antidote
要素
  • PemI-like protein 1
  • immunoglobulin heavy chain variable region
キーワードIMMUNE SYSTEM / plasmid addiction / camel antibody / addiction antidote
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / double-stranded DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulins ...: / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin MazE / Antitoxin MazE
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Loris, R. / Marianovsky, I. / Lah, J. / Laeremans, T. / Engelberg-Kulka, H. / Glaser, G. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the intrinsically flexible addiction antidote MazE.
著者: Loris, R. / Marianovsky, I. / Lah, J. / Laeremans, T. / Engelberg-Kulka, H. / Glaser, G. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
履歴
登録2002年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: immunoglobulin heavy chain variable region
B: immunoglobulin heavy chain variable region
D: PemI-like protein 1
E: PemI-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5164
ポリマ－48,5164
非ポリマー00
水3,405189
1
A: immunoglobulin heavy chain variable region
E: PemI-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2582
ポリマ－24,2582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: immunoglobulin heavy chain variable region
D: PemI-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2582
ポリマ－24,2582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.440, 47.826, 128.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.591, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細MazE-cabmaz1 complex. MazE is a dimer. Each MazE monomer has one monomer of cabmaz1 bound

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin heavy chain variable region


分子量: 14891.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 PemI-like protein 1 / MazE protein


分子量: 9366.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MazE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18534, UniProt: P0AE72*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, magnesium acetate, cacodylic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
40.2 Mmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B10.87
シンクロトロンESRF ID14-320.9
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2001年3月21日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2002年3月10日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
20.91
反射解像度: 1.65→15 Å / Num. obs: 32058 / % possible obs: 74.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.97 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.82
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / % possible all: 57.9
反射
*PLUS
Num. obs: 32375 / Num. measured all: 96388 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.71 Å / % possible obs: 61 % / Num. unique obs: 2633 / Num. measured obs: 4348 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 3.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2491 2575 random
Rwork0.2177 --
all0.2203 32058 -
obs0.2203 32058 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2489 0 0 189 2678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.364
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00605
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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