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万見
- PDB-1mv0: NMR STRUCTURE OF THE TUMOR SUPPRESSOR BIN1: ALTERNATIVE SPLICING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mv0
タイトルNMR STRUCTURE OF THE TUMOR SUPPRESSOR BIN1: ALTERNATIVE SPLICING IN MELANOMA AND INTERACTION WITH C-MYC
要素
  • Myc box-dependent-interacting protein 1
  • Myc proto-oncogene protein
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / TRANSCRIPTION / TUMOR SUPPRESSOR/ONCOPROTEIN / TRANSCRIPTION COMPLEX / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid tube / negative regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / lipid tube assembly / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation ...lipid tube / negative regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / lipid tube assembly / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation / Myc-Max complex / varicosity / T-tubule organization / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / cellular response to interferon-alpha / RNA polymerase II transcription repressor complex / myotube differentiation / positive regulation of B cell apoptotic process / RUNX3 regulates WNT signaling / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of cell division / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / negative regulation of monocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / cerebellar mossy fiber / response to growth factor / axon initial segment / response to alkaloid / B cell apoptotic process / transcription regulator activator activity / node of Ranvier / protein-DNA complex disassembly / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / RNA polymerase binding / I band / fibroblast apoptotic process / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Regulation of NFE2L2 gene expression / regulation of telomere maintenance / regulation of neuron differentiation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / middle ear morphogenesis / skeletal system morphogenesis / Signaling by ALK / branching involved in ureteric bud morphogenesis / clathrin binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / endosome to lysosome transport / pigmentation / nucleus organization / rRNA metabolic process / E-box binding / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of telomere maintenance / negative regulation of amyloid-beta formation / regulation of heart rate by cardiac conduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / chromosome organization / negative regulation of fibroblast proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / ERK1 and ERK2 cascade / axon terminus / cytoskeleton organization / T-tubule / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of epithelial cell proliferation / transcription coregulator binding / MAPK6/MAPK4 signaling / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / euchromatin / G1/S transition of mitotic cell cycle / phospholipid binding / protein processing / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / tau protein binding / spindle / Wnt signaling pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / Z disc / endocytosis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / actin filament binding / cellular response to UV / synaptic vesicle
類似検索 - 分子機能
Amphiphysin 2 / Amphiphysin 2, SH3 domain / Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Amphiphysin / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / BAR domain ...Amphiphysin 2 / Amphiphysin 2, SH3 domain / Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Amphiphysin / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc box-dependent-interacting protein 1 / Myc proto-oncogene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Pineda-Lucena, A. / Arrowsmith, C.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A structure-based model of the c-Myc/Bin1 protein interaction shows alternative splicing of Bin1 and c-Myc phosphorylation are key binding determinants.
著者: Pineda-Lucena, A. / Ho, C.S. / Mao, D.Y. / Sheng, Y. / Laister, R.C. / Muhandiram, R. / Lu, Y. / Seet, B.T. / Katz, S. / Szyperski, T. / Penn, L.Z. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2002年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE The protein crystallized by the author contains Lys465 which corresponds to Glu576 in the ...SEQUENCE The protein crystallized by the author contains Lys465 which corresponds to Glu576 in the Swiss-Prot entry O00499. This residue conflict is noted in the database reference.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myc proto-oncogene protein
B: Myc box-dependent-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8362
ポリマ－10,8362
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Myc proto-oncogene protein / c-Myc / Transcription factor p64


分子量: 1479.724 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 55-68 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01106
#2: タンパク質 Myc box-dependent-interacting protein 1 / Bridging integrator 1 / Amphiphysin-like protein / Amphiphysin II / Box-dependent


分子量: 9356.479 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 513-593 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00499

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 3D HETERONUCLEAR NMR TECHNIQUES

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試料調製

詳細内容: 1.4 mM Bin1(402-482)/c-Myc(55-68) U-15N, 13C, 25 mM sodium phosphate, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 95% H2O, 5% D2O pH=6.5
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1DELAGLIO ET AL.解析
DYANA1.5GUNTERT ET AL.構造決定
XEASY1.3.13BARTELS ET AL.データ解析
DYANA1.5GUNTERT ET AL.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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