PDB-1mr7: Crystal Structure of Streptogramin A Acetyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mr7

タイトル

Crystal Structure of Streptogramin A Acetyltransferase

要素

Streptogramin A Acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Left-handed parallel beta-helix domain

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kehoe, L.E. / Snidwongse, J. / Courvalin, P. / Rafferty, J.B. / Murray, I.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of Synercid (Quinupristin-Dalfopristin) Resistance in Gram-positive Bacterial Pathogens
著者: Kehoe, L.E. / Snidwongse, J. / Courvalin, P. / Rafferty, J.B. / Murray, I.A.

履歴

登録	2002年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mr7.cif.gz	256.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mr7.ent.gz	210.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mr9C 1mrlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mrl-d 3dho-2 1kk6-d 1kk5-2 1khr-1 1kk4-1 1kk4-2 6x3j-2 1vhc-1 1kk5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Streptogramin A Acetyltransferase

B: Streptogramin A Acetyltransferase

C: Streptogramin A Acetyltransferase

X: Streptogramin A Acetyltransferase

Y: Streptogramin A Acetyltransferase

Z: Streptogramin A Acetyltransferase

142 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptogramin A Acetyltransferase

B: Streptogramin A Acetyltransferase

C: Streptogramin A Acetyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

X: Streptogramin A Acetyltransferase

Y: Streptogramin A Acetyltransferase

Z: Streptogramin A Acetyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.393, 183.001, 184.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

詳細

Biological trimer

#1: タンパク質	Streptogramin A Acetyltransferase 分子量: 23675.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) 参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Streptogramin A Acetyltransferase

分子量: 23675.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecium (バクテリア)
プラスミド: pET28A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.65	53.15
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	詳細
290	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	Sodium Formate 2.7M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
290	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	Sodium Formate 2.7M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.15-0.25 mM	protein	1	reservoir
2	1 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM14	1	0.97947, 0.97939, 0.96863
シンクロトロン	SRS	PX14.2	2	0.978

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	CCD	2000年11月10日	Mirrors
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2001年4月10日	Mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 channel	MAD	M	x-ray	1
2	Si 111 channel	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97947	1
2	0.97939	1
3	0.96863	1
4	0.978	1

反射

解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 140296 / 冗長度: 3.37 % / B_iso Wilson estimate: 39.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 21.3

反射シェル

解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.27

反射

*PLUS

% possible obs: 97.2 % / Num. measured all: 1293725

反射シェル

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 91.3 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→21.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.27 / SU ML: 3.27 / SU R_free: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20687	6864	5 %	RANDOM
R_work	0.17636	-	-	-
all	0.17792	-	-	-
obs	0.17792	129459	97.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→21.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9523	0	0	694	10217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	9864
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.244	1.95	13458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3	20779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.048	3	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.394	15	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	10960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.3	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.3	9377
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.5	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.236	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.3	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.191	0.3	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.304	1.5	6115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.601	2	9983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.804	3	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.608	4.5	3475

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.266	481
R_work	0.225	8928

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4132	1.4618	-0.0124	2.0179	0.0741	0.5504	-0.0206	0.1261	-0.1705	-0.0561	0.0522	-0.2055	0.0842	-0.0493	-0.0316	0.0749	-0.0064	0.0129	0.0758	-0.0194	0.1066	26.9788	53.1631	14.0334
2	1.6827	0.6552	-1.2253	0.8886	-0.3977	1.31	0.08	-0.1067	0.0467	0.0849	-0.057	-0.0682	-0.0786	0.0596	-0.023	0.0381	-0.0408	-0.031	0.0742	-0.0156	0.103	37.0688	80.2133	26.7964
3	0.588	0.036	-0.1019	1.6628	1.2383	1.6465	0.0606	-0.089	-0.0064	0.1983	-0.1096	0.1073	0.0876	-0.1614	0.0489	0.112	-0.0688	0.0172	0.1382	0.0163	0.0592	13.307	64.3749	40.2023
4	1.3596	0.057	0.7079	0.8852	-0.1375	1.0418	-0.0017	0.0965	-0.1022	-0.0594	-0.0068	-0.1145	0.0392	0.0919	0.0085	0.0298	0.0207	0.0178	0.0555	-0.0199	0.0847	39.8099	106.3885	64.851
5	0.6819	0.2165	-0.0513	1.3253	1.0232	1.837	-0.0071	0.0438	-0.0017	-0.1516	-0.0805	0.1637	-0.0653	-0.2211	0.0876	0.0818	0.0387	-0.0467	0.1205	-0.001	0.0571	12.6726	118.3995	54.7057
6	1.8401	-1.3638	-0.3176	1.7569	0.223	0.3498	0.0082	-0.23	0.1087	0.154	0.0309	-0.0615	-0.0548	-0.0195	-0.0392	0.1088	-0.0273	-0.0187	0.0979	-0.0372	0.062	26.4672	130.2482	80.1376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 203	1 - 203
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 203	1 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 203	1 - 203
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	D	1 - 203	1 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Y	E	1 - 203	1 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Z	F	1 - 203	1 - 203

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.207 / R_factor R_work: 0.176

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.24

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