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万見
- PDB-1mr1: Crystal Structure of a Smad4-Ski Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mr1
タイトルCrystal Structure of a Smad4-Ski Complex
要素
  • Mothers against decapentaplegic homolog 4
  • Ski oncogene
キーワードSIGNALING PROTEIN / Smad / Ski / cancer / TGF-b signaling / protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nose morphogenesis / positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / histone deacetylase inhibitor activity / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / activin responsive factor complex ...nose morphogenesis / positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / histone deacetylase inhibitor activity / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / activin responsive factor complex / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / regulation of hair follicle development / sebaceous gland development / SMAD protein complex / positive regulation of luteinizing hormone secretion / filamin binding / formation of anatomical boundary / RUNX2 regulates bone development / epithelial cell migration / myotube differentiation / heteromeric SMAD protein complex / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / regulation of transforming growth factor beta2 production / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / neuron fate specification / response to transforming growth factor beta / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of Schwann cell proliferation / secondary palate development / brainstem development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / atrioventricular canal development / cardiac conduction system development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of extracellular matrix assembly / camera-type eye morphogenesis / sulfate binding / Germ layer formation at gastrulation / olfactory bulb development / cellular response to BMP stimulus / Formation of definitive endoderm / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / myelination in peripheral nervous system / Signaling by Activin / negative regulation of activin receptor signaling pathway / outflow tract septum morphogenesis / activin receptor signaling pathway / Signaling by NODAL / camera-type eye development / gastrulation with mouth forming second / I-SMAD binding / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / bone morphogenesis / TGFBR3 expression / embryonic limb morphogenesis / Cardiogenesis / anterior/posterior axis specification / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / face morphogenesis / endothelial cell activation / neural crest cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of DNA binding / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / seminiferous tubule development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / uterus development / R-SMAD binding / roof of mouth development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of Wnt signaling pathway / single fertilization / anatomical structure morphogenesis / negative regulation of osteoblast differentiation / epithelial to mesenchymal transition / developmental growth / BMP signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / negative regulation of fibroblast proliferation / ovarian follicle development / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / skeletal muscle fiber development
類似検索 - 分子機能
: / SAND domain-like / c-SKI SMAD4-binding domain / Transcription regulator SKI/SnoN / c-SKI Smad4 binding domain / c-SKI Smad4 binding domain / SKI/SNO/DAC domain / Ski-like, DNA-binding domain superfamily / SKI/SNO/DAC Dachshund homology domain / SAND domain ...: / SAND domain-like / c-SKI SMAD4-binding domain / Transcription regulator SKI/SnoN / c-SKI Smad4 binding domain / c-SKI Smad4 binding domain / SKI/SNO/DAC domain / Ski-like, DNA-binding domain superfamily / SKI/SNO/DAC Dachshund homology domain / SAND domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SAND-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Putative DNA-binding domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Roll / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ski oncogene / Mothers against decapentaplegic homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Wu, J.-W. / Krawitz, A.R. / Chai, J. / Li, W. / Zhang, F. / Luo, K. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Structural Mechanism of Smad4 Recognition by the Nuclear Oncoprotein Ski: Insights on Ski-mediated Repression of TGF-beta Signaling
著者: Wu, J.-W. / Krawitz, A.R. / Chai, J. / Li, W. / Zhang, F. / Luo, K. / Shi, Y.
履歴
登録2002年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 4
B: Mothers against decapentaplegic homolog 4
C: Ski oncogene
D: Ski oncogene
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4546
ポリマ－74,3234
非ポリマー1312
水28816
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 4
D: Ski oncogene
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2273
ポリマ－37,1612
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
2
B: Mothers against decapentaplegic homolog 4
C: Ski oncogene
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2273
ポリマ－37,1612
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.8, 109.8, 141.1
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 4 / Smad4 / Mothers against DPP homolog 4 / Deletion target in pancreatic carcinoma 4 / hSMAD4


分子量: 25642.287 Da / 分子数: 2 / 断片: MH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13485
#2: タンパク質 Ski oncogene / Ski / C-ski


分子量: 11519.203 Da / 分子数: 2 / 断片: Smad4-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12755
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES1reservoirpH7.5
310 %(v/v)1,4-dioxane1reservoir
4900 mM1reservoirpH7.0K2HPO4/KH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→99 Å / Num. all: 23957 / Num. obs: 22639 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / % possible all: 61
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / 冗長度: 6.1 % / Num. measured all: 136326 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.2 % / Rmerge(I) obs: 0.457

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→20 Å / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 998 random
Rwork0.231 --
all0.235 23446 -
obs0.235 20599 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4666 0 2 16 4684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.578
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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