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万見
- PDB-1mpl: CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHONATE-INHIBITED D-ALA-D-ALA PEPTIDASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mpl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHONATE-INHIBITED D-ALA-D-ALA PEPTIDASE REVEALS AN ANALOG OF A TETRAHEDRAL TRANSITION STATE
要素D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / TRANSITION STATE ANALOG / PEPTIDOGLYCAN / PENICILLIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RE1 / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Anderson, J.W. / Brinsmade, S.R. / Pratt, R.F. / Kelly, J.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Phosphonate-Inhibited d-Ala-d-Ala Peptidase Reveals an Analogue of a Tetrahedral Transition State.
著者: Silvaggi, N.R. / Anderson, J.W. / Brinsmade, S.R. / Pratt, R.F. / Kelly, J.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structures of Two Kinetic Intermediates Reveal Species Specificity of Penicillin-Binding Proteins
著者: Mcdonough, M.A. / Anderson, J.W. / Silvaggi, N.R. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. / Kelly, J.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Refined Crystallographic Structure of a Dd-Peptidase Penicillin-Target Enzyme at 1.6 A Resolution
著者: Kelly, J.A. / Kuzin, A.P.
履歴
登録2002年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2217
ポリマ－37,4231
非ポリマー7996
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.900, 66.760, 100.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / D-ALANYL-D-ALANINE TRANSPEPTIDASE / DD- peptidase / DD-carboxypeptidase


分子量: 37422.574 Da / 分子数: 1 / 断片: DD-Peptidase / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: R61
参照: UniProt: P15555, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-RE1 / GLYCYL-L-A-AMINOPIMELYL-E-(D-2-AMINOETHYL)PHOSPHONATE


分子量: 338.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H21N3O7P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlenzyme1drop
215 %PEG80001drop
350 mMsodium phosphate1droppH6.8
420 %PEG80001reservoir
550 mMsodium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.99991
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. all: 701505 / Num. obs: 127013 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.12→1.16 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 75.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 701505
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3PTE

3pte


解像度: 1.12→10 Å / Num. parameters: 28853 / Num. restraintsaints: 36144 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.029
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14 6231 5 %RANDOM
Rwork0.1143 ---
all0.1143 123545 --
obs0.1128 123545 94.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 225 / Occupancy sum non hydrogen: 3081.77
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 51 445 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0334
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.094
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. reflection Rfree: 6242 / Rfactor Rfree: 0.139 / Rfactor Rwork: 0.113
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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