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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mpl | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHONATE-INHIBITED D-ALA-D-ALA PEPTIDASE REVEALS AN ANALOG OF A TETRAHEDRAL TRANSITION STATE | ||||||
![]() | D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / TRANSITION STATE ANALOG / PEPTIDOGLYCAN / PENICILLIN BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Silvaggi, N.R. / Anderson, J.W. / Brinsmade, S.R. / Pratt, R.F. / Kelly, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Phosphonate-Inhibited d-Ala-d-Ala Peptidase Reveals an Analogue of a Tetrahedral Transition State. 著者: Silvaggi, N.R. / Anderson, J.W. / Brinsmade, S.R. / Pratt, R.F. / Kelly, J.A. #1: ![]() タイトル: Structures of Two Kinetic Intermediates Reveal Species Specificity of Penicillin-Binding Proteins 著者: Mcdonough, M.A. / Anderson, J.W. / Silvaggi, N.R. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. / Kelly, J.A. #2: ![]() タイトル: The Refined Crystallographic Structure of a Dd-Peptidase Penicillin-Target Enzyme at 1.6 A Resolution 著者: Kelly, J.A. / Kuzin, A.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 668.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 670.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3pteS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37422.574 Da / 分子数: 1 / 断片: DD-Peptidase / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P15555, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-RE1 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月16日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.12→50 Å / Num. all: 701505 / Num. obs: 127013 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 27.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.16 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 75.1 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 701505 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3PTE 解像度: 1.12→10 Å / Num. parameters: 28853 / Num. restraintsaints: 36144 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.029
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Refine analyze | Num. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 225 / Occupancy sum non hydrogen: 3081.77 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. reflection Rfree: 6242 / Rfactor Rfree: 0.139 / Rfactor Rwork: 0.113 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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