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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of galactose mutarotase from Lactococcus lactis complexed with D-fucose | ||||||
![]() | Aldose 1-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / epimerase / sugar binding / galactosemia | ||||||
機能・相同性 | ![]() aldose 1-epimerase / aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thoden, J.B. / Kim, J. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and kinetic studies of sugar binding to galactose mutarotase from Lactococcus lactis. 著者: Thoden, J.B. / Kim, J. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38622.957 Da / 分子数: 2 / 変異: E2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG-5000-OMe, MES, fucose, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年2月16日 / 詳細: goebel optics |
放射 | モノクロメーター: goebel optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 66843 / Num. obs: 66843 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 7954 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 94.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.4 % / Num. unique obs: 7954 / Rmerge(I) obs: 0.246 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1L7J 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5F / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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