PDB-1ml8: structural genomics

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ml8

タイトル

structural genomics

要素

hypothetical protein (crp region)

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Korolev, S. / Skarina, T. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural genomics
著者: Korolev, S. / Skarina, T. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2002年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ml8.cif.gz	36.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ml8.ent.gz	25 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ml8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/1ml8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/1ml8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2onf-d 4wfd-1 4mko-3 1qwi-2 4x3g-2 1434 1ukk-d 1qwi-1 4mko-2 6gre-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5006

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein (crp region)

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein (crp region)

登録者が定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.352, 76.352, 107.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	hypothetical protein (crp region) 分子量: 14524.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24246, UniProt: P0ADX1*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25% PEG4K;0.2M Ammon. Sulph., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945; 0.97934

検出器

タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月21日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	0.97934	1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 10742 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 27

反射シェル

解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1.05	精密化
d*TREK		データ削減
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→38.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2679	280	4.6 %	RANDOM
R_work	0.22798	-	-	-
obs	0.22976	5798	99.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.37 Å²	1.18 Å²	0 Å²
2-	-	2.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	964	0	0	0	964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.693	1.953	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.369	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.079	15	165
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.09	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.275	1.5	646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.397	2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.879	3	330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.475	4.5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.326	29
R_work	0.246	393

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4794	-0.338	0.0355	1.4345	-1.5917	4.7624	-0.143	0.0664	-0.2287	0.2863	0.1216	0.0653	0.16	0.0039	0.0214	0.0781	0.0855	0.0029	0.0949	0.0171	0.163	15.6696	28.4486	80.0292
2	2.1528	-0.2794	1.4829	2.1114	-0.6176	5.2945	0.193	0.2833	-0.3206	-0.1208	0.005	0.0425	0.5546	0.0439	-0.198	0.0578	0.0325	-0.0359	0.2608	-0.0274	0.1851	8.7921	18.7632	57.6584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 35	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	36 - 134	36 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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