+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mk0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | catalytic domain of intron endonuclease I-TevI, E75A mutant | ||||||
要素 | Intron-associated endonuclease 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta fold / CATALYTIC DOMAIN / DNA-BINDING SURFACE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-stranded DNA endonuclease activity / nucleic acid metabolic process / intron homing / DNA-binding transcription repressor activity / transcription repressor complex / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Van Roey, P. / Meehan, L. / Kowalski, J.C. / Belfort, M. / Derbyshire, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002 タイトル: Catalytic domain structure and hypothesis for function of GIY-YIG intron endonuclease I-TevI. 著者: Van Roey, P. / Meehan, L. / Kowalski, J.C. / Belfort, M. / Derbyshire, V. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mk0.cif.gz | 33.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1mk0.ent.gz | 24.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mk0_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1mk0_full_validation.pdf.gz | 444.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mk0_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mk0_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/1mk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/1mk0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11406.057 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (residues 1 to 97) / 変異: E75A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P13299, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B1.2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 15342 / Num. obs: 15342 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 84 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 12 / % possible all: 98.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.034 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 23.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1LN0 解像度: 1.6→36.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1085373.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.2046 Å2 / ksol: 0.393289 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.21 Å / Luzzati sigma a free: 0.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.55 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.229 |