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万見
- PDB-1mje: STRUCTURE OF A BRCA2-DSS1-SSDNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mje
タイトルSTRUCTURE OF A BRCA2-DSS1-SSDNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Deleted in split hand/split foot protein 1
  • breast cancer 2
キーワードGENE REGULATION/ANTITUMOR PROTEIN/DNA / TUMOR SUPPRESSOR (がん抑制遺伝子) / BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY / DNA-BINDING / GENE REGULATION-ANTITUMOR PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / BRCA2-MAGE-D1 complex / HDR through Homologous Recombination (HRR) / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere ...HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / BRCA2-MAGE-D1 complex / HDR through Homologous Recombination (HRR) / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / nuclear ubiquitin ligase complex / chordate embryonic development / histone H4 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / lateral element / telomere maintenance via recombination / regulation of DNA damage checkpoint / mammary gland development / oocyte maturation / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / gamma-tubulin binding / DNA repair complex / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / response to UV-C / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / inner cell mass cell proliferation / Somitogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / hematopoietic stem cell proliferation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / replication fork processing / female gonad development / male meiosis I / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / centrosome duplication / 造血 / response to X-ray / chromosome organization / proteasome assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / mRNA export from nucleus / positive regulation of mitotic cell cycle / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / regulation of cytokinesis / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / 分泌 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / stem cell proliferation / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / cellular response to ionizing radiation / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / nucleotide-excision repair / Hh mutants are degraded by ERAD / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / response to gamma radiation / Degradation of AXIN / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / Activation of NF-kappaB in B cells / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / G2/M Checkpoints / double-strand break repair via homologous recombination / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Hedgehog 'on' state / brain development / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / multicellular organism growth / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / ABC-family proteins mediated transport / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / HDR through Homologous Recombination (HRR) / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21
類似検索 - 分子機能
: / BRCA2, OB2 / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / 塔 / BRCA2, helical / 塔 ...: / BRCA2, OB2 / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / 塔 / BRCA2, helical / 塔 / BRCA2 repeat / BRCA2, OB1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein / BRCA2 repeat / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 1 / BRCA2 repeat profile. / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yang, H. / Jeffrey, P.D. / Miller, J. / Kinnucan, E. / Sun, Y. / Thoma, N.H. / Zheng, N. / Chen, P.L. / Lee, W.H. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: BRCA2 function in DNA binding and recombination from a BRCA2-DSS1-ssDNA structure.
著者: Yang, H. / Jeffrey, P.D. / Miller, J. / Kinnucan, E. / Sun, Y. / Thoma, N.H. / Zheng, N. / Chen, P.L. / Lee, W.H. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2002年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 2793-2879 OF THE BRCA2 CHAIN WERE REMOVED PROTEOLYTICALLY. RESIDUES 3087 AND 3089 ...SEQUENCE RESIDUES 2793-2879 OF THE BRCA2 CHAIN WERE REMOVED PROTEOLYTICALLY. RESIDUES 3087 AND 3089 ARE COVALENTLY BOUND. 3088 WAS SKIPPED IN THE NUMBERING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
B: Deleted in split hand/split foot protein 1
A: breast cancer 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0483
ポリマ－83,0483
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)198.866, 198.866, 200.047
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Deleted in split hand/split foot protein 1 / DSS1 / SPLIT HAND/FOOT DELETED PROTEIN 1


分子量: 8284.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P60896
#3: タンパク質 breast cancer 2 / BRCA2


分子量: 72983.172 Da / 分子数: 1
Fragment: sequence database residues 2378-2792, 2880-3113 (residues 2793-2879 removed)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: GenBank: 17973451, UniProt: P97929*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Sodium Acetate, Sodium Citrate, NaCl, DTT, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Acetate11
2Sodium Citrate11
3NaCl塩化ナトリウム11
4DTT11
5NaCl塩化ナトリウム12

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→25 Å / Num. all: 24950 / Num. obs: 24950 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2783 565 random 2.5%
Rwork0.2448 --
all-22508 -
obs-22508 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5077 121 0 0 5198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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