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- PDB-1mj5: LINB (haloalkane dehalogenase) from sphingomonas paucimobilis UT2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mj5
タイトルLINB (haloalkane dehalogenase) from sphingomonas paucimobilis UT26 at atomic resolution
要素1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase
キーワードHYDROLASE / LINB / Haloalkane dehalogenase / 1 / 3 / 4 / 6-tetrachloro-1 / 4-cyclohexadiene dehalogenase / gamma-Hexachlorocyclohexane degradation / alpha/beta-hydrolase / ultra high resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Oakley, A.J. / Damborsky, J. / Wilce, M.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26 at 0.95 A resolution: dynamics of catalytic residues.
著者: Oakley, A.J. / Klvana, M. / Otyepka, M. / Nagata, Y. / Wilce, M.C. / Damborsky, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Sphingomonas paucimobilis UT26: evidence for product- and water-mediated inhibition
著者: Oakley, A.J. / Prokop, Z. / Bohac, M. / Kmunicek, J. / Jedlicka, T. / Monincova, M. / Kuta-Smatanova, I. / Nagata, Y. / Damborsky, J. / Wilce, M.C.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26
著者: Marek, J. / Vevodova, J. / Smatanova, I.K. / Nagata, Y. / Svensson, L.A. / Newman, J. / Takagi, M. / Damborsky, J.
履歴
登録2002年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1176
ポリマ－33,9731
非ポリマー1445
水11,854658
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.390, 68.380, 80.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase / Haloalkane dehalogenase / 1 / 4- TCDN chlorohydrolase


分子量: 33973.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
株: UT26 / 遺伝子: LINB / プラスミド: pAQN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
参照: UniProt: P51698, UniProt: D4Z2G1*PLUS, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, 20% (w/v) PEG 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1200 mM1reservoirMgCl2
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
320 %(w/v)PEG40001reservoir
412 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→22.763 Å / Num. all: 305643 / Num. obs: 134890 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(I): -2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 0.95→0.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 79.7
反射
*PLUS
最高解像度: 0.95 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 134922 / Num. measured all: 305643
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CV2

1cv2


解像度: 0.95→22.763 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.1411 6763 random
Rwork0.1116 --
all0.1116 134890 -
obs0.1116 134890 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→22.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5139 0 5 658 5802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.115
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 0.95 Å / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.994
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d0.014
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 0.95 Å / 最低解像度: 0.97 Å / Rfactor Rfree: 0.1202 / Rfactor Rwork: 0.0912

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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