PDB-1miq: Crystal structure of proplasmepsin from the human malarial pathog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1miq

タイトル

Crystal structure of proplasmepsin from the human malarial pathogen Plasmodium vivax

要素

plasmepsin

キーワード

HYDROLASE / aspartic proteinase zymogen / domain opening

機能・相同性

機能・相同性情報

food vacuole / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Yowell, C.A. / Dame, J.B. / James, M.N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural insights into the activation of P. vivax plasmepsin.
著者: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Yowell, C.A. / Dame, J.B. / James, M.N.

履歴

登録	2002年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1miq.cif.gz	157.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1miq.ent.gz	124.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1miq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1miq_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1miq_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	1miq_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	1miq_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qs8SC 1pfzS 1ls5 1sme S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g8x-d 1fqa-d 4qpa-2 4xj0-1 4l8m-d 4i59-3 4qp6-1 4qp3-1 3i60-d 4ehv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: plasmepsin

B: plasmepsin

85.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: plasmepsin

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: plasmepsin

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.409, 92.735, 99.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	plasmepsin / aspartic proteinase 分子量: 42759.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The 122-residue prosegment has been truncated to 48 residues 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O60989
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM ammonium acetate, 3% t-amyl alcohol, 15 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 394K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 117641 / Num. obs: 116818 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.27 % / B_iso Wilson estimate: 62.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 1QS8 and 1PFZ

1qs8

1pfz

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 8.376 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.264

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24534	1852	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20322	-	-	-
obs	0.20535	33805	99.29 %	-
all	-	35657	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.56 Å²	0 Å²	-1.23 Å²
2-	-	3.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.42 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.265 Å	0.412 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5969	0	0	63	6032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.954	8294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.239	3	746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.684	15	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.3	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.5	870
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.3	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.687	1.5	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.301	2	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.913	3	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.099	4.5	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.254	122
R_work	0.238	2484

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.727	1.2949	-0.2806	1.3863	0.3638	2.2999	-0.03	0.0741	-0.1188	0.0242	-0.0292	0.0726	0.2927	0.0378	0.0592	0.473	0.0189	-0.0097	0.3141	-0.0803	0.5103	46.0272	-1.3788	2.723
2	27.8889	24.0107	1.7207	53.8866	14.5358	30.6792	-0.2735	1.3573	1.5759	-0.2672	0.407	3.0106	1.3144	-2.2137	-0.1335	0.1277	-0.1852	0.1275	0.5487	0.1554	0.5405	17.8127	-11.5058	10.198
3	19.9721	2.1066	-10.3454	0.6085	-1.3871	4.9631	-0.6149	-0.9214	-1.2965	0.0394	-0.0999	-0.3933	0.1389	0.209	0.7148	0.4813	-0.0134	0.0843	0.3951	-0.0644	0.5117	14.4825	-19.5737	26.2917
4	5.2994	-1.0581	-0.5769	0.8157	0.7725	3.2022	-0.3633	-0.596	0.2305	0.0349	0.2465	-0.1137	-0.101	0.0252	0.1168	0.524	-0.0142	0.0048	0.4373	-0.1427	0.4254	-10.9841	-13.0661	35.5115
5	6.4446	-1.172	-2.6197	3.4515	1.7771	4.9457	-0.3921	-1.5649	0.91	-0.2537	0.4529	-0.6702	-0.1539	1.0494	-0.0608	0.3525	-0.0293	-0.1019	0.7851	-0.3136	0.6116	15.2405	-9.7392	37.2493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	78 - 111	126 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 327	51 - 375
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	112 - 2	160 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	76 - 123	124 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 197	49 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	301 - 327	349 - 375
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	198 - 300	246 - 348

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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