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- PDB-1mi1: Crystal Structure of the PH-BEACH Domain of Human Neurobeachin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mi1
タイトルCrystal Structure of the PH-BEACH Domain of Human Neurobeachin
要素Neurobeachin
キーワードSIGNALING PROTEIN / PH domain / BEACH domain / vesicle trafficking / signal transduction / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / PKA activation / endomembrane system / trans-Golgi network / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / intracellular protein localization / protein kinase binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neurobeachin; Chain: A, domain 1 / BEACH domain / Neurobeachin-like, DUF1088 / Neurobeachin/BDCP, DUF4704 / Neurobeachin, beta-propeller domain / Neurobeachin, alpha-solenoid region / : / Neurobeachin-like, DUF1088 / Neurobeachin/BDCP, DUF4704 alpha solenoid region / Neurobeachin alpha solenoid region ...Neurobeachin; Chain: A, domain 1 / BEACH domain / Neurobeachin-like, DUF1088 / Neurobeachin/BDCP, DUF4704 / Neurobeachin, beta-propeller domain / Neurobeachin, alpha-solenoid region / : / Neurobeachin-like, DUF1088 / Neurobeachin/BDCP, DUF4704 alpha solenoid region / Neurobeachin alpha solenoid region / Neurobeachin beta propeller domain / BEACH domain / PH-BEACH domain / BEACH domain superfamily / Beige/BEACH domain / PH domain associated with Beige/BEACH / BEACH domain profile. / BEACH-type PH domain profile. / Beige/BEACH domain / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jogl, G. / Shen, Y. / Gebauer, D. / Li, J. / Wiegmann, K. / Kashkar, H. / Kroenke, M. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the BEACH domain reveals an unusual fold and extensive association with a novel PH domain.
著者: Jogl, G. / Shen, Y. / Gebauer, D. / Li, J. / Wiegmann, K. / Kashkar, H. / Kronke, M. / Tong, L.
履歴
登録2002年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurobeachin
B: Neurobeachin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4342
ポリマ－96,4342
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.910, 179.910, 98.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Neurobeachin / BCL8B protein / KIAA1544 protein


分子量: 48216.906 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 2150-2563 of GB entry AAM53531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q8NFP9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Tris, 10mM DTT, 4% PEG 8000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMTris1reservoirpH7.6
24 %(w/v)PEG80001reservoir
32 mMdithiothreitol1reservoir
420 mMTris1droppH8.5
5200 mM1dropNaCl
610 mMdithiothreitol1drop
730 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9764, 0.9793, 0.9791, 0.9686
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月1日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97641
20.97931
30.97911
40.96861
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 39977 / Num. obs: 39977 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 151.6 Å2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 80025 / Num. measured all: 355843 / Rmerge(I) obs: 0.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADSYS位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→29.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1995 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 39977 99.1 %-
all-39977 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.9675 Å2 / ksol: 0.310806 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.07 Å213.59 Å20 Å2
2--4.82 Å20 Å2
3----10.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.51 Å / Luzzati sigma a free: 0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6654 0 0 0 6654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.232.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 343 5.2 %
Rwork0.425 6305 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MSE.PARMSE.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.468 / Rfactor Rwork: 0.425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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