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万見
- PDB-6h5y: PM1 mutant, 7D5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h5y
タイトルPM1 mutant, 7D5
要素Laccase
キーワードPLANT PROTEIN
機能・相同性Cupredoxins - blue copper proteins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / COPPER (II) ION
機能・相同性情報
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Munoz, I.G. / De Salas, F. / Camarero, S.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
European Research CouncilKBBE-2013-7-613549 スペイン
BIO2014-56388-R スペイン
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Advanced Synthesis of Conductive Polyaniline Using Laccase as Biocatalyst.
著者: de Salas, F. / Pardo, I. / Salavagione, H.J. / Aza, P. / Amougi, E. / Vind, J. / Martinez, A.T. / Camarero, S.
#1: ジャーナル: Cell. Mol. Life Sci. / 年: 2015
タイトル: Laccase engineering by rational and evolutionary design.
著者: Pardo, I. / Camarero, S.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase
B: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,99715
ポリマ－106,5082
非ポリマー1,48913
水1,38777
1
A: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0468
ポリマ－53,2541
非ポリマー7937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9507
ポリマ－53,2541
非ポリマー6976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)202.610, 202.610, 202.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Laccase


分子量: 53253.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌)
プラスミド: uracil-independent ampicillin-resistance shuttle pJRoC30 vector
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant (発現宿主): BJ5465
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 % / 解説: Cubic: 0.07x0.07x0.07 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM NaAc, 200 mM Li2SO4, 20% (v/v) polyethylenglycol 4000 and 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→143.27 Å / Num. obs: 61143 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2298 / CC1/2: 0.935 / Rrim(I) all: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GYC

1gyc


解像度: 2.3→82.715 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 3854 6.3 %
Rwork0.1673 --
obs0.1695 61142 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→82.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7324 0 69 77 7470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03810461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5784397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32810.29631340.26812006X-RAY DIFFRACTION100
2.3281-2.35750.28011360.22462054X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.38860.23571360.20512013X-RAY DIFFRACTION100
2.3886-2.42130.19571370.19792014X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.45590.2431390.19332015X-RAY DIFFRACTION100
2.4559-2.49250.22211380.1932059X-RAY DIFFRACTION100
2.4925-2.53150.23781400.20942061X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.5730.26931290.20922007X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.61740.24261390.19062044X-RAY DIFFRACTION100
2.6174-2.6650.25991410.20742024X-RAY DIFFRACTION100
2.665-2.71620.26311360.21152027X-RAY DIFFRACTION100
2.7162-2.77170.31321360.22542058X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.83190.26281350.21982034X-RAY DIFFRACTION100
2.8319-2.89780.29081360.20732025X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-2.97030.22651380.20352054X-RAY DIFFRACTION100
2.9703-3.05060.25441370.20072013X-RAY DIFFRACTION100
3.0506-3.14040.24411380.19872078X-RAY DIFFRACTION100
3.1404-3.24170.24061420.18732013X-RAY DIFFRACTION100
3.2417-3.35760.20861370.16852058X-RAY DIFFRACTION100
3.3576-3.4920.19281390.17782044X-RAY DIFFRACTION100
3.492-3.6510.19751400.16942062X-RAY DIFFRACTION100
3.651-3.84340.22921390.16082031X-RAY DIFFRACTION100
3.8434-4.08420.16541410.14342075X-RAY DIFFRACTION100
4.0842-4.39960.17251350.14012055X-RAY DIFFRACTION100
4.3996-4.84230.16731380.13762053X-RAY DIFFRACTION100
4.8423-5.54280.16681370.12932077X-RAY DIFFRACTION100
5.5428-6.98280.17431390.16462115X-RAY DIFFRACTION100
6.9828-82.76870.16661420.15262119X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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