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万見
- PDB-1mi0: Crystal Structure of the redesigned protein G variant NuG2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mi0
タイトルCrystal Structure of the redesigned protein G variant NuG2
要素immunoglobulin-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha-beta protein / redesigned beta-hairpin
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Finegoldia magna (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nauli, S. / Kuhlman, B. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. / Baker, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structures and increased stabilization of the protein G variants with switched folding pathways NuG1 and NuG2
著者: Nauli, S. / Kuhlman, B. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. / Baker, D.
履歴
登録2002年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE DIFFERS FROM PIR ENTRY A45063 AT RESIDUES 11-21, chain A, and residues 12-22, ...SEQUENCE THE SEQUENCE DIFFERS FROM PIR ENTRY A45063 AT RESIDUES 11-21, chain A, and residues 12-22, chain B, (PIR RESIDUES 328-384) BECAUSE THE AUTHORS REDESIGNED THE FIRST HAIRPIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: immunoglobulin-binding protein G
B: immunoglobulin-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7122
ポリマ－14,7122
非ポリマー00
水1,982110
1
A: immunoglobulin-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3561
ポリマ－7,3561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: immunoglobulin-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3561
ポリマ－7,3561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.330, 73.790, 39.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-108-

HOH

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要素

#1: タンパク質 immunoglobulin-binding protein G


分子量: 7356.045 Da / 分子数: 2 / 断片: Redesigned B1 domain / 変異: D52A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REDESIGNED FIRST BETA-HAIRPIN, VARIANT NUG2 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: A45063, UniProt: Q53291*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, tris-hcl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMHEPES1droppH7.5
21.6 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MTris1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.84 Å / Num. all: 11456 / Num. obs: 11456
反射 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / % possible all: 83
反射
*PLUS
Num. obs: 10905 / % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→19.84 Å
Rfactor反射数
Rfree0.265 1148
Rwork0.26 -
all0.293 11119
obs0.291 11119
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数942 0 0 110 1052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.8
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 9780 / Rfactor Rwork: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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