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万見
- PDB-1mhc: MODEL OF MHC CLASS I H2-M3 WITH NONAPEPTIDE FROM RAT ND1 REFINED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhc
タイトルMODEL OF MHC CLASS I H2-M3 WITH NONAPEPTIDE FROM RAT ND1 REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • (MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3) x 2
  • NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE
キーワードHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN/PEPTIDE / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / alpha-beta T cell activation involved in immune response / Respiratory electron transport / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...Complex I biogenesis / alpha-beta T cell activation involved in immune response / Respiratory electron transport / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to hydroperoxide / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / cellular defense response / Neutrophil degranulation / nitric oxide biosynthetic process / aerobic respiration / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / mitochondrial membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / Histocompatibility 2, M region locus 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, C.-R. / Fischer Lindahl, K. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Nonclassical binding of formylated peptide in crystal structure of the MHC class Ib molecule H2-M3
著者: Wang, C.R. / Castano, A.R. / Peterson, P.A. / Slaughter, C. / Lindahl, K.F. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1991
タイトル: H-2M3 Encodes the Mhc Class I Molecule Presenting the Maternally Transmitted Antigen of the Mouse
著者: Wang, C.-R. / Loveland, B.E. / Fischer Lindahl, K.
履歴
登録1995年8月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
B: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
C: NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE
D: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
E: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
F: NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2427
ポリマ－91,0216
非ポリマー2211
水6,702372
1
A: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
B: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
C: NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5103
ポリマ－45,5103
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
2
D: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
E: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
F: NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7324
ポリマ－45,5103
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
3
D: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
E: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
F: NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
B: MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
C: NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2427
ポリマ－91,0216
非ポリマー2211
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_444x-1,y-1,z-11
Buried area10450 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area37370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.250, 66.100, 55.170
Angle α, β, γ (deg.)102.71, 96.28, 110.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 210 / 2: CIS PROLINE - PRO B 32 / 3: CIS PROLINE - PRO D 210 / 4: CIS PROLINE - PRO E 32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9585, -0.1906, 0.2119), (-0.2302, -0.9561, 0.1812), (0.1681, -0.2225, -0.9603)4.9129, 38.8128, 28.6944
2given(0.9641, -0.1867, 0.1886), (-0.2217, -0.9573, 0.1854), (0.1459, -0.2206, -0.9644)4.8695, 38.7328, 28.6928
3given(0.9646, -0.1991, 0.1729), (-0.2317, -0.953, 0.1953), (0.1259, -0.2284, -0.9654)4.9692, 38.6988, 28.6453
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 D 2 .. D 182 A 2 .. A 182 0.288 M2 D 183 .. D 275 A 183 .. A 275 0.292 M3 E 1 .. E 99 B 1 .. B 99 0.312

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX


分子量: 32650.650 Da / 分子数: 2 / 変異: INS(275(A)-282(A)), INS(275(D)-282(D)) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-M3 B2M / 遺伝子 (発現宿主): H2-M3 B2M
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q31093
#2: タンパク質 MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 変異: INS(275(A)-282(A)), INS(275(D)-282(D)) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-M3 B2M / 遺伝子 (発現宿主): H2-M3 B2M
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE / ND1


分子量: 1155.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
参照: UniProt: P03889
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 26 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
316-18 %PEG80001reservoir
4100 mMHEPES1reservoir
52 %MPD1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 33706 / % possible obs: 70 % / Rmerge(I) obs: 0.079
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.17 Å / % possible obs: 43 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.19 --
obs0.19 33706 70 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6282 0 14 372 6668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.88
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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