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Yorodumi- PDB-1mgq: CRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC SM-LIKE PROTEIN FROM METHANOBAC... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1mgq | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC SM-LIKE PROTEIN FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM | ||||||
Components | SM-LIKE PROTEIN | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / LSM / RNA-BINDING / ARCHEA | ||||||
Function / homology | Function and homology information Sm-like protein family complex / intracellular organelle / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Collins, B.M. / Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Refined Structure of Sm-Like Protein Heptamer from Methanobacterium thermoautotrophicum Authors: Collins, B.M. / Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2001 Title: Crystal Structure of a Heptameric Sm-like Protein Complex from Archaea: Implications for the Structure and Evolution of snRNPs Authors: Collins, B.M. / Harrop, S.J. / Kornfeld, G.D. / Dawes, I.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1mgq.cif.gz | 115.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1mgq.ent.gz | 91.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1mgq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mgq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1i81S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9184.438 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) Gene: MT0649 / Plasmid: PGEX-4T-2 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: O26745 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: PEG 3350, TRIS, LITHIUM SULPHATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1.08 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 20, 2000 |
Radiation | Monochromator: MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.08 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→40.49 Å / Num. obs: 59871 / Observed criterion σ(I): 3 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1I81 Resolution: 1.7→14.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.379 / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.125 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.512 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→14.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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