PDB-1mgq: CRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC SM-LIKE PROTEIN FROM METHANOBAC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mgq

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC SM-LIKE PROTEIN FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM

要素

SM-LIKE PROTEIN

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / LSM / RNA-BINDING / ARCHEA

機能・相同性

機能・相同性情報

Sm-like protein family complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Collins, B.M. / Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Refined Structure of Sm-Like Protein Heptamer from Methanobacterium thermoautotrophicum
著者: Collins, B.M. / Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.

履歴

登録	2002年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mgq.cif.gz	115.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mgq.ent.gz	91.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mgq_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mgq_full_validation.pdf.gz	500.9 KB	表示
XML形式データ	1mgq_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	1mgq_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i81S 1b34 1d3b 1i4k 1i5l 1i8f 1jri 1kq1 1ljo S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1i81-d 1i4k-4 1i4k-2 1jri-1 5mki-2 1h64-4 1i4k-3 5mki-1 1i5l-2 1h64-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SM-LIKE PROTEIN

B: SM-LIKE PROTEIN

C: SM-LIKE PROTEIN

D: SM-LIKE PROTEIN

E: SM-LIKE PROTEIN

F: SM-LIKE PROTEIN

G: SM-LIKE PROTEIN

64.3 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.591, 71.883, 95.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SM-LIKE PROTEIN / snRNP Sm-like protein 分子量: 9184.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: MT0649 / プラスミド: PGEX-4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O26745
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

SM-LIKE PROTEIN / snRNP Sm-like protein

分子量: 9184.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: MT0649 / プラスミド: PGEX-4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O26745

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 3350, TRIS, LITHIUM SULPHATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月20日
放射	モノクロメーター: MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40.49 Å / Num. obs: 59871 / Observed criterion σ(I): 3
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I81

1i81

解像度: 1.7→14.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.379 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2612	3021	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2292	-	-	-
all	0.2309	59928	-	-
obs	0.2309	56448	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.512 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→14.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4022	0	0	251	4273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	4064
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.86	1.992	5485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.885	3	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.41	15	798
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.3	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.297	0.3	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.517	0.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.044	1.5	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.729	2	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.651	3	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.285	4.5	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.34	195
R_work	0.284	4014

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4075	-0.805	2.6478	3.3983	-1.7889	5.9169	0.1404	-0.1181	-0.1565	0.2565	-0.0976	-0.1475	0.4688	0.2937	-0.0428	0.1228	-0.0023	0.0067	0.1434	0.0051	0.1645	13.2703	-19.3274	14.6974
2	2.1756	-0.9133	-0.5989	5.2927	0.8213	1.5742	-0.0379	0.0467	0.1305	0.0586	0.0242	-0.2802	-0.094	0.1751	0.0136	0.009	-0.028	-0.0027	0.0879	0.0047	0.1177	12.7327	-5.1687	2.8212
3	2.9128	-0.7354	0.1374	3.9594	-0.7318	4.0956	-0.1121	-0.147	0.1702	0.3386	0.0591	-0.2539	-0.1771	0.0595	0.0531	0.0172	-0.0083	-0.0189	0.0512	-0.0008	0.1405	10.5909	12.6039	6.5564
4	3.7202	0.2199	-0.6039	4.4402	-2.0679	8.8572	0.0319	-0.4295	0.3077	0.5624	0.0383	-0.1157	-0.7528	0.1915	-0.0702	0.326	0.0503	-0.0142	0.1874	-0.0666	0.1647	8.2217	20.7559	22.5798
5	3.0022	-0.9979	-0.4946	8.125	0.7322	6.0602	0.0552	-0.2372	0.1068	0.7337	-0.0772	0.0807	-0.2422	0.0376	0.0221	0.4815	0.0533	0.0217	0.2862	-0.0345	0.0897	7.6368	13.3841	39.3104
6	3.4358	-1.724	-0.1146	11.968	2.8926	7.1542	-0.2949	-0.2519	-0.0472	1.6739	0.1846	-0.0568	0.2348	0.0156	0.1103	0.7315	0.0736	0.0411	0.2668	0.0096	0.1073	10.2145	-3.4159	44.247
7	3.0551	-0.7072	0.0938	7.4396	1.7351	11.5102	-0.1158	-0.1246	-0.1029	1.0846	0.0689	-0.0421	0.6494	0.0543	0.0469	0.4472	-0.0127	0.0443	0.2028	0.0299	0.1081	12.5749	-18.5569	33.2219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 81	10 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	8 - 81	10 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	8 - 81	10 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	9 - 81	11 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	9 - 81	11 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	12 - 81	14 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	9 - 81	11 - 83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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