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- PDB-1mfa: STRUCTURE OF A SINGLE-CHAIN FV FRAGMENT COMPLEXED WITH A CARBOHYD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mfa
タイトルSTRUCTURE OF A SINGLE-CHAIN FV FRAGMENT COMPLEXED WITH A CARBOHYDRATE ANTIGEN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zdanov, A. / Cygler, M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Structure of a single-chain antibody variable domain (Fv) fragment complexed with a carbohydrate antigen at 1.7-A resolution.
著者: Zdanov, A. / Li, Y. / Bundle, D.R. / Deng, S.J. / MacKenzie, C.R. / Narang, S.A. / Young, N.M. / Cygler, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Solution Structure of a Trisaccharide-Antibody Complex: Comparison of NMR Measurements with a Crystal Structure
著者: Bundle, D.R. / Baumann, H. / Brisson, J.-R. / Gagne, S. / Zdanov, A. / Cygler, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Bacterial Expression and Secretion of Various Single-Chain Fv Genes Encoding Proteins Specific for a Salmonella Serotype B O-Antigen
著者: Anand, N.N. / Mandal, S. / Mackenzie, C.R. / Sadowska, J. / Sijurskjold, B. / Young, N.M. / Budle, D.R. / Narang, S.A.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Recognition of a Cell-Surface Oligo-Saccharide of Pathogenic Salmonella by an Antibody Fab Fragment
著者: Cygler, M. / Rose, D.R. / Bundle, D.R.
履歴
登録1993年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9983
ポリマ－26,5112
非ポリマー4861
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.100, 61.000, 74.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 13310.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 13200.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-2)-[alpha-D-Abequopyranose-(1-3)]methyl alpha-D-mannopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 486.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-2[DAbea1-3]DManp[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a2112h-1a_1-5][a2d12m-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-3-deoxy-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: protein solution-0.003 ml, well solution-0.0045 ml
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
119 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
310 mMtriaccharide1drop0.0005 ml
414 %(w/v)PEG80001reservoir
550 mMTris-HCl1reservoir
60.1 M1reservoirNaCl

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 22712 / % possible obs: 84.3 % / Num. measured all: 177018 / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.166 / Rfactor obs: 0.166 / 最高解像度: 1.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 33 174 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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