ソフトウェア 名称 分類 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング CNS精密化 CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : フーリエ合成開始モデル : pdb entry 1AK5解像度 : 2.15→49.04 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Data cutoff high absF : 3210639.17 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.264 1712 5.2 % RANDOM Rwork 0.233 - - - all - 34692 - - obs - 32980 94 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 41.5379 Å2 / ksol : 0.361162 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 44.7 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.35 Å 0.29 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.28 Å 0.25 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.15→49.04 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2782 0 46 120 2948
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.5 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.71 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.19 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it2.07 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.63 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.5 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error : 0.023 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.329 215 4.8 % Rwork 0.288 4218 - obs - - 77.3 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 PARAM.GNSOLRMP.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 CIS_PEPTIDE.PARAMMPA.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 RMP_MPA.PARION.TOPX-RAY DIFFRACTION 5 ION.PARAMTOPH.GNSOL
精密化 *PLUS
最低解像度 : 50 Å / Rfactor Rfree : 0.265 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg22.6 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.7