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- PDB-1mai: STRUCTURE OF THE PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FROM PHOSPHOLIPASE C ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mai
タイトルSTRUCTURE OF THE PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FROM PHOSPHOLIPASE C DELTA IN COMPLEX WITH INOSITOL TRISPHOSPHATE
要素PHOSPHOLIPASE C DELTA-1
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / PLECKSTRIN / PHOSPHOLIPASE / INOSITOL TRISPHOSPHATE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / response to prostaglandin F / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding ...Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / response to prostaglandin F / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / GTPase activating protein binding / labyrinthine layer blood vessel development / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to hyperoxia / lipid catabolic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cytosolic calcium ion concentration / mitochondrial membrane / phospholipid binding / response to peptide hormone / response to calcium ion / regulation of cell population proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / angiogenesis / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / enzyme binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase delta-1 / : / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase delta-1 / : / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase delta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ferguson, K.M. / Lemmon, M.A. / Schlessinger, J. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Structure of the high affinity complex of inositol trisphosphate with a phospholipase C pleckstrin homology domain.
著者: Ferguson, K.M. / Lemmon, M.A. / Schlessinger, J. / Sigler, P.B.
履歴
登録1996年5月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C DELTA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8662
ポリマ－15,4461
非ポリマー4201
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.400, 59.400, 80.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C DELTA-1


分子量: 15445.579 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRISPHOSPHATE / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10688, phosphoinositide phospholipase C
#2: 化合物 ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.2 mMprotein/ligand complex1drop
212 %PEG200001reservoir
310 %glycerol1reservoir
450 mMNa-citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 11978 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 -10 %
Rwork0.205 --
obs0.205 11695 99.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 27.98 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1567 0 24 110 1701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.752
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.42
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.113
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor all: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.42
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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