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万見
- PDB-1mac: CRYSTAL STRUCTURE AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF BACILLUS MACER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mac
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF BACILLUS MACERANS ENDO-1,3-1,4-BETA-GLUCANASE
要素1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE (GLUCANASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


licheninase activity / licheninase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Paenibacillus macerans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hahn, M. / Heinemann, U.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure and site-directed mutagenesis of Bacillus macerans endo-1,3-1,4-beta-glucanase.
著者: Hahn, M. / Olsen, O. / Politz, O. / Borriss, R. / Heinemann, U.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Molecular and Active-Site Structure of a Bacillus 1,3-1,4-Beta-Glucanase
著者: Keitel, T. / Simon, O. / Borriss, R. / Heinemann, U.
履歴
登録1994年12月22日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
B: 1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7334
ポリマ－47,6522
非ポリマー802
水3,153175
1
A: 1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8662
ポリマ－23,8261
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8662
ポリマ－23,8261
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)203.680, 42.410, 60.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 199 / 2: CIS PROLINE - PRO B 199
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.3583, -0.69916, 0.61871), (-0.76118, -0.60249, -0.24003), (0.54058, -0.38494, -0.74806)
ベクター: 83.36453, 85.95627, -4.24362)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 B 1 .. B 212 A 1 .. A 212 0.422 ROTATION AND TRANSLATION MATRIX OF LEAST-SQUARES FIT OF ALL C-ALPHA POSITIONS.

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要素

#1: タンパク質 1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE


分子量: 23826.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus macerans (バクテリア)
プラスミド: PBR322 PUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23904, licheninase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
由来についての詳細BETA-GLUCANASE FROM BACILLUS MACERANS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: using macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlB.macerans beta-glucanase1drop
210 mMsodium acetate1drop
35 mM1dropCaCl2
430 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
520 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 16.9 Å / Num. obs: 16928 / % possible obs: 72.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.163 16417
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 2 175 3557
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0090.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.292.41
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d28.4226.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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