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- PDB-1m9d: X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m9d
タイトルX-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) O-type chimera Complex.
要素
  • Cyclophilin A
  • HIV-1 Capsid
キーワードIsomerase/Viral protein / CAPSID / HIV-1 / CYCLOPHILIN A / ISOMERASE / ROTAMASE / Isomerase-Viral protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / virion binding / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / virion binding / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / Basigin interactions / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / negative regulation of protein phosphorylation / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / Calcineurin activates NFAT / activation of protein kinase B activity / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of protein secretion / HIV-1 retropepsin / peptidylprolyl isomerase / symbiont-mediated activation of host apoptosis / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Assembly Of The HIV Virion / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / DNA integration / platelet activation / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / platelet aggregation / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / integrin binding / positive regulation of protein phosphorylation / RNA-directed DNA polymerase activity / neuron differentiation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / protein folding / Platelet degranulation / host cell / viral nucleocapsid / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / DNA recombination / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of MAPK cascade / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / focal adhesion / apoptotic process / lipid binding / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / : ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / : / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Howard, B.R. / Vajdos, F.F. / Li, S. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of cyclophilin A
著者: Howard, B.R. / Vajdos, F.F. / Li, S. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.
履歴
登録2002年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). Complex "A" consists of chains B and C; Complex "B" consists of chains A and D.
Remark 999SEQUENCE According to the authors, this apparent conflict is due to the use of HIV-1 strain NL4-3 ...SEQUENCE According to the authors, this apparent conflict is due to the use of HIV-1 strain NL4-3 which has a histidine at residue 120.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclophilin A
B: Cyclophilin A
C: HIV-1 Capsid
D: HIV-1 Capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4564
ポリマ－68,4564
非ポリマー00
水10,521584
1
A: Cyclophilin A
D: HIV-1 Capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2282
ポリマ－34,2282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclophilin A
C: HIV-1 Capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2282
ポリマ－34,2282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.900, 109.300, 67.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclophilin A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase / Rotamase / Cyclosporin A-binding protein


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質 HIV-1 Capsid


分子量: 16191.552 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN / Mutation: L83T, V86P, H87A, A88M, I91L, A92P, M96I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: CA / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72497, UniProt: P12497*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.4 mMCypA-CAN1drop
21 mMbeta-mercaptoethanol1drop
310 mMTris1droppH8.0
415-25 %(w/v)PEG80001reservoir
51 M1reservoirLiCl
6100 mMBicine1reservoirpH7.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日
放射モノクロメーター: Single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67 Å / Num. all: 39417 / Num. obs: 37052 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1782 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 82
反射
*PLUS
% possible obs: 94 % / Num. measured all: 219914
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC5精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AK4

1ak4


解像度: 1.9→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.872 / SU ML: 0.175 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS But not output to the coordinate file
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 3894 9.5 %RANDOM
Rwork0.16334 ---
all0.17005 39417 --
obs0.17 37052 94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-0.24 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→67.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4779 0 0 584 5363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0214893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9221.9436610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.134310251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7583616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.5915913
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.025472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.31053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1440.34520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0030.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.5827
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0320.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1370.3104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.00623072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.31734945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.46121821
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.12531665
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 186 -
Rwork0.183 2270 -
obs-1782 81.9 %
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 67 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.163
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.9
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.93 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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