PDB-1m8j: Crystal Structure Of Methanobacterium Thermoautotrophicum Nicotin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m8j

タイトル

Crystal Structure Of Methanobacterium Thermoautotrophicum Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltransferase Mutant R136A complexed with NAD

要素

Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / nucleotidyltransferase HXGH active site motif

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Saridakis, V. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Mutational, Structural, and Kinetic Studies of the ATP-binding Site of Methanobacterium thermoautotrophicum Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltransferase
著者: Saridakis, V. / Pai, E.F.

履歴

登録	2002年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m8j.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m8j.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1m8j_validation.pdf.gz	476.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1m8j_full_validation.pdf.gz	479.3 KB	表示
XML形式データ	1m8j_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	1m8j_validation.cif.gz	8.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/1m8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/1m8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m8fC 1m8gC 1m8kC 1ej2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1m8f-1 1ej2-2 1m8g-1 1m8k-1 4yp6-1 1f9a-d 1yum-d 4yp7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase

ヘテロ分子

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_555	x,x-y,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.418, 91.418, 107.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

詳細

The protein is hexameric.

#1: タンパク質	Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase / NAD(+) pyrophosphorylase / NAD(+) diphosphorylase / NMN adenylyltransferase 分子量: 20478.613 Da / 分子数: 1 / 変異: R136A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mth0150 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.22 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 100 mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1.6 M	ammonium sulfate	1	reservoir
2	5 %	glycerol	1	reservoir
3	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.0
4	1.5-1.6 M	ammonium sulfate	1	drop
5	5 %	glycerol	1	drop
6	100 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.0
7	10 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 10961 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 29.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 49.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique all: 1052 / R_sym value: 0.345
反射	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 10085 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 185814 / R_merge(I) obs*: 0.077
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs*: 12

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ej2

1ej2

解像度: 2.4→14.96 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 521275.62 / Data cutoff high rms absF: 521275.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	1062	10.3 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.225	10271	94.5 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 46.833 Å² / k_sol: 0.376268 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	4.02 Å²	0 Å²
2-	-	-1.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.87 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.39 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.37 Å	0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1334	0	49	49	1432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.01
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	3.95	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	6.19	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	7.93	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	11.74	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.55 Å / R_factor R_free error: 0.03 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	150	9.6 %
R_work	0.279	1412	-
obs	-	-	88.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	NAD.PARAM	NAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	CIS_PEPTIDE.PARAM	CIS_PEPTIDE.TOP

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	21.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.01

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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