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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m8f | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Methanobacterium Thermoautotrophicum Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltransferase Mutant R11A complexed with NAD | ||||||
![]() | nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / nucleotidyltransferase HXGH motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saridakis, V. / Pai, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutational, Structural, and Kinetic Studies of the ATP-binding Site of Methanobacterium thermoautotrophicum Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltransferase 著者: Saridakis, V. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biologically active protein is hexameric |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20478.613 Da / 分子数: 1 / 変異: R11A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mth150 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 100 mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 9715 / Num. obs: 9266 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 978 / Rsym value: 0.45 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 9715 / % possible obs: 92.9 % / Num. measured all: 42952 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EJ2 解像度: 2.4→28.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 253779.59 / Data cutoff high rms absF: 253779.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.0349 Å2 / ksol: 0.351916 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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