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万見
- PDB-1m7k: Solution Structure of the SODD BAG Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m7k
タイトルSolution Structure of the SODD BAG Domain
要素Silencer of Death Domains
キーワードCHAPERONE / THREE HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA modification / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / adenyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / ruffle assembly / TNF signaling / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of actin filament polymerization / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / positive regulation of stress fiber assembly ...negative regulation of mRNA modification / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / adenyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / ruffle assembly / TNF signaling / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of actin filament polymerization / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / positive regulation of stress fiber assembly / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of cell adhesion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / protein localization to plasma membrane / cellular response to tumor necrosis factor / protein folding / protein-folding chaperone binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / RNA binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BAG family molecular chaperone regulator 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle simulated annealing
データ登録者Brockmann, C. / Leitner, D. / Labudde, D. / Diehl, A. / Sievert, V. / Buessow, K. / Oschkinat, H.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: The solution structure of the SODD BAG domain reveals additional electrostatic interactions in the HSP70 complexes of SODD subfamily BAG domains
著者: Brockmann, C. / Leitner, D. / Labudde, D. / Diehl, A. / Sievert, V. / Buessow, K. / Kuhne, R. / Oschkinat, H.
履歴
登録2002年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Silencer of Death Domains


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2761
ポリマ－11,2761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Silencer of Death Domains / BAG-family molecular chaperone regulator-4


分子量: 11275.769 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 358-456 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O95429

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1313D 13C-methyl selective NOESY
1422D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4mM SODD U-15N,13C; 20mM phosphate buffer, pH6.0; 50mM NaCl;94% H20 6%, D2O
21.4mM SODD U-15N,13C; 20mM phosphate buffer, NA; 50mM NaCl;100% D2O
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
Sparky3.1Goddard, T.D.; Kneller, D.G.データ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Delano, Gros, Grosse-Kunstleve, Jiang, Kuszewski, Nilges, Pannu, Read, Rice, Simonson, Warren精密化
精密化手法: torsion angle simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Calculated from 723 NOE restraints, 52 from hydrogen bonds and 140 dihedral restraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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