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万見
- PDB-1m6z: Crystal structure of reduced recombinant cytochrome c4 from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6z
タイトルCrystal structure of reduced recombinant cytochrome c4 from Pseudomonas stutzeri
要素Cytochrome c4
キーワードELECTRON TRANSPORT / diheme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c4-like / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Noergaard, A. / Harris, P. / Larsen, S. / Christensen, H.E.M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural comparison of recombinant Pseudomonas stutzeri cytochrome c4 in two oxidation states
著者: Noergaard, A. / Harris, P. / Larsen, S. / Christensen, H.E.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic investigations of cytochrome c4 from Pseudomonas stutzeri
著者: Kadziola, A. / Larsen, S. / Christensen, H.M. / Karlsson, J.-J. / Ulstrup, J.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the dihaem cytochrome c4 from Pseudomonas stutzeri determined at 2.2 A resolution
著者: Kadziola, A. / Larsen, S.
#3: ジャーナル: HANDBOOK OF METALLOPROTEINS / 年: 2001
タイトル: Cytochrome c4
著者: Andersen, N.H. / Christensen, H.E.M. / Iversen, G. / Noergaard, A. / Scharnagl, C. / Thuesen, M.H. / Ulstrup, J.
履歴
登録2002年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c4
B: Cytochrome c4
C: Cytochrome c4
D: Cytochrome c4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,05515
ポリマ－78,8004
非ポリマー5,25411
水12,484693
1
A: Cytochrome c4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0294
ポリマ－19,7001
非ポリマー1,3293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9373
ポリマ－19,7001
非ポリマー1,2372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0294
ポリマ－19,7001
非ポリマー1,3293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome c4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0594
ポリマ－19,7001
非ポリマー1,3593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.11, 57.56, 83.75
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c4


分子量: 19700.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
プラスミド: pNM185 / 発現宿主: Pseudomonas putida (バクテリア) / 株 (発現宿主): PaW340 / 参照: UniProt: Q52369
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 30%(w/v) PEG 4000, 5%(v/v) glycerol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0326 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月26日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 144067 / Num. obs: 142653 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ETP

1etp


解像度: 1.35→30 Å / Num. parameters: 59868 / Num. restraintsaints: 87330 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Anisotropic refinement. Riding H-atoms introduced.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1907 7157 5.1 %RANDOM
Rwork0.1402 ---
all0.1427 141227 --
obs0.1427 130776 92.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 5369.27 / Occupancy sum non hydrogen: 6570.54
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5512 0 364 693 6569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.445
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0263
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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