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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m6f | ||||||||||||||||||
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タイトル | Strong Binding in the DNA Minor Groove by an Aromatic Diamidine With a Shape That Does Not Match the Curvature of the Groove | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Nucleic acids / minor groove binder / double helix / DNA-drug complex | 機能・相同性 | Chem-CGQ / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Nguyen, B. / Lee, M.P.H. / Hamelberg, D. / Joubert, A. / Bailly, C. / Brun, R. / Neidle, S. / Wilson, W.D. | ![]() ![]() タイトル: Strong Binding in the DNA Minor Groove by an Aromatic Diamidine With a Shape That Does Not Match the Curvature of the Groove 著者: Nguyen, B. / Lee, M.P.H. / Hamelberg, D. / Joubert, A. / Bailly, C. / Brun, R. / Neidle, S. / Wilson, W.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-CGQ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MGCL2 2UL OF 75MM, DNA DOUBLE-STRANDED 3UL OF 2MM, MPD 2UL OF 25%, DRUG 2UL OF 4.5MM, SODIUM CACODYLATE 40MM. MPD IN RESERVOIR 700UL OF 50%., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月27日 / 詳細: Yale Focussing Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→17 Å / Num. obs: 6040 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.84 Å / % possible obs: 90.6 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / % possible all: 90.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 53082 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: DNA PART OF NDB ENTRY GDL009 解像度: 1.78→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.1988 / Rfactor Rfree: 0.2713 / Rfactor Rwork: 0.2015 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |