PDB-1m4t: Biosynthetic thiolase, Cys89 butyrylated

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m4t

タイトル

Biosynthetic thiolase, Cys89 butyrylated

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / thiolase fold / butyrylated intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Zoogloea ramigera (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The catalytic cycle of biosynthetic thiolase: A conformational journey of an acetyl group through four binding modes and two oxyanion holes
著者: Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2002年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m4t.cif.gz	305.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m4t.ent.gz	256.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1m4t_validation.pdf.gz	493.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1m4t_full_validation.pdf.gz	552.7 KB	表示
XML形式データ	1m4t_validation.xml.gz	69.9 KB	表示
CIF形式データ	1m4t_validation.cif.gz	101 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m1oC 1m1tC 1m3kC 1m3zC 1m4sC 1dluS 1dlv 1dm3 1qfl S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1m4s-d 2vu0-d 1ou6-d 1nl7-d 6aqp-d 2vtz-d 1m1t-d 1m1o-d 1dm3-d 4o9c-1 5xz5-1 7cw5-1 5lp7-1 4o9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (13) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase

B: Acetyl-CoA acetyltransferase

C: Acetyl-CoA acetyltransferase

D: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.353, 79.314, 147.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.97, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase / E.C.2.3.1.9 / Acetoacetyl-CoA thiolase / biosynthetic thiolase 分子量: 40611.301 Da / 分子数: 4 / 変異: Cys89 butyrylated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1091 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: lithium sulphate, ammonium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH5.0
2	1.0 M		1	reservoir		Li2SO4
3	0.9 M	ammonium sulfate	1	reservoir
4	1 mM	EDTA	1	reservoir
5	1 mM	dithiothreitol	1	reservoir
6	1 mM		1	reservoir		NaN3
7	2 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.09785 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.09785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 187197 / Num. obs: 187197 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8928 / R_sym value: 0.344 / % possible all: 95.9
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.097
反射シェル	PLUS % possible obs: 95.9 % / R_merge(I) obs*: 0.344

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
XDS	データ削減
REFMAC	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DLU

1dlu

解像度: 1.77→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: ISOTROPIC REFINEMENT, TLS PARAMETERISATON
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24209	8647	4.6 %	COPIED FROM 1DLU, MISSING RESOLUTION RANGE COMPLETED RANDOMLY
R_work	0.20582	-	-	-
all	0.2075	187094	-	-
obs	0.2075	187094	99.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	-0.68 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11290	0	32	1091	12413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	11492
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	10700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.954	15518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	24802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.412	5	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	13364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	6714
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.295	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.246	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.141	4	7664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.892	5	12076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.743	4	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.842	5	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	671
R_work	0.253	12738

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6455	-0.3678	-0.01	0.7294	0.0044	0.0992	-0.0396	-0.065	0.0094	0.0689	0.0407	-0.0138	-0.0014	0.0003	-0.0011	0.0102	-0.0001	0.0408	0.0261	-0.0003	0.1627	21.095	0.02	6.804
2	0.3032	-0.1479	0.1625	1.3395	0.2734	1.3008	0.054	-0.0592	-0.0064	0.623	-0.0684	0.004	0.0713	-0.1235	0.0145	0.8335	0.1	-0.0107	0.3589	-0.024	0.3693	22.981	0.275	61.817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 392	3 - 392
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	3 - 392	3 - 392
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	3 - 392	3 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	3 - 392	3 - 392

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 178447 / R_factor R_free: 0.242 / R_factor R_work: 0.206

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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