+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m26 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of jacalin-T-antigen complex | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / PLANT PROTEIN / All beta sheet protein / beta prism I fold | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Surolia, A. / Vijayan, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexs 著者: Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: A novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, a Moraceae plant lectin with a beta-prism fold 著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 108 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jacS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||
詳細 | Biological molecule is a tetramer. There is one tetramer in the assymmetric unit |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 85-217 of GB sequence entry AA32678 / 由来タイプ: 天然 詳細: synonymous scientific name: Artocarpus heterophyllus 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1658.874 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 64-78 of GB sequence entry AA32678 / 由来タイプ: 天然 詳細: synonymous scientific name: Artocarpus heterophyllus 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: PEG 4000, 0.02M phosphate buffer at pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→19.58 Å / Num. all: 76669 / Num. obs: 74262 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 1.8 % / Num. unique all: 3714 / % possible all: 95.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 188335 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.8 % / Num. unique obs: 3714 / Rmerge(I) obs: 0.289 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1JAC 解像度: 1.62→19.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5119 Å2 / ksol: 0.345509 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.21 Å / Luzzati sigma a free: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→19.58 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|