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- PDB-1m1p: P21 crystal structure of the tetraheme cytochrome c3 from Shewane... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m1p
タイトルP21 crystal structure of the tetraheme cytochrome c3 from Shewanella oneidensis MR1
要素Small tetraheme cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / tetraheme cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Periplasmic tetraheme cytochrome c CctA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Leys, D. / Meyer, T.E. / Tsapin, A.I. / Nealson, K.H. / Cusanovich, M.A. / Van Beeumen, J.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures at atomic resolution reveal the novel concept of 'electron-harvesting' as a role for the small tetraheme cytochrome c
著者: Leys, D. / Meyer, T.E. / Tsapin, A.I. / Nealson, K.H. / Cusanovich, M.A. / Van Beeumen, J.J.
履歴
登録2002年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE the sequence of this protein is derived from both N-terminal sequencing and from the ...SEQUENCE the sequence of this protein is derived from both N-terminal sequencing and from the sequenced genome of Shewanella oneidensis strain MR1. The protein sequence is, at present, not available in any protein sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small tetraheme cytochrome c
B: Small tetraheme cytochrome c
C: Small tetraheme cytochrome c
D: Small tetraheme cytochrome c
E: Small tetraheme cytochrome c
F: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,27034
ポリマ－58,0426
非ポリマー15,22828
水20,9151161
1
A: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2446
ポリマ－9,6741
非ポリマー2,5705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2446
ポリマ－9,6741
非ポリマー2,5705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2446
ポリマ－9,6741
非ポリマー2,5705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1485
ポリマ－9,6741
非ポリマー2,4744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1485
ポリマ－9,6741
非ポリマー2,4744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2446
ポリマ－9,6741
非ポリマー2,5705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
A: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子

C: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子

D: Small tetraheme cytochrome c
E: Small tetraheme cytochrome c
F: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,02628
ポリマ－48,3685
非ポリマー12,65823
水905
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24920 Å2
ΔGint-479 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
8
A: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子

C: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子

D: Small tetraheme cytochrome c
E: Small tetraheme cytochrome c
F: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,02628
ポリマ－48,3685
非ポリマー12,65823
水905
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24680 Å2
ΔGint-477 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
9
A: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子

D: Small tetraheme cytochrome c
E: Small tetraheme cytochrome c
F: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,78322
ポリマ－38,6944
非ポリマー10,08818
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19640 Å2
ΔGint-374 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
10
D: Small tetraheme cytochrome c
E: Small tetraheme cytochrome c
F: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,53916
ポリマ－29,0213
非ポリマー7,51813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14470 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
11
E: Small tetraheme cytochrome c
F: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,39111
ポリマ－19,3472
非ポリマー5,0449
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9420 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
12
D: Small tetraheme cytochrome c
E: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,29510
ポリマ－19,3472
非ポリマー4,9488
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
13
C: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子

D: Small tetraheme cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,39111
ポリマ－19,3472
非ポリマー5,0449
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area9420 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.690, 34.005, 108.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Small tetraheme cytochrome c


分子量: 9673.621 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shewanella oneidensis (バクテリア) / 株: Strain MR1 / 参照: UniProt: Q8EDL6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: ammonium sulphate, bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / PH range low: 9.2 / PH range high: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13.5-3.8 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 MBicine1reservoirpH8.5-9.2
330 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→15 Å / Num. all: 91758 / Num. obs: 84418 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / % possible all: 90
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. obs: 83876 / Num. measured all: 197538 / Rmerge(I) obs: 0.064

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Identical protein in P212121 spacegroup

解像度: 1.55→14.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.456 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21148 4456 5 %RANDOM
Rwork0.17265 ---
all0.17458 91750 --
obs0.1745 84418 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.44 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→14.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3750 0 1052 1161 5963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5732.5427146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.085516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.39815567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3570.22674
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3330.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8891.52581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56724053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23932461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2974.53093
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.259 273
Rwork0.232 4640
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 1.59 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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