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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m0e | ||||||
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タイトル | ZEBULARINE: A NOVEL DNA METHYLATION INHIBITOR THAT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH DNA METHYLTRANSFERASE | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Protein-DNA covalent complex / Mechanism based DNA methylation inhibitors / Zebularine / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, L. / Cheng, X. / Connolly, B.A. / Dickman, M.J. / Hurd, P.J. / Hornby, D.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: ZEBULARINE: A NOVEL DNA METHYLATION INHIBITOR THAT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH DNA METHYLTRANSFERASES 著者: Zhou, L. / Cheng, X. / Connolly, B.A. / Dickman, M.J. / Hurd, P.J. / Hornby, D.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9mhtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3623.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3688.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 37042.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, Ca acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月16日 詳細: a parabolic collimating mirror placed upstream of monochromator |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→39.7 Å / Num. obs: 19591 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 9MHT 解像度: 2.5→39.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å / Luzzati d res low obs: 39.7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.26 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.177 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.329 / Rfactor Rwork: 0.268 |