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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1luq | ||||||
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タイトル | Full Matrix Error Analysis of Streptavidin | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merritt, E.A. / Le Trong, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Full Matrix Error Analysis of Streptavidin 著者: Merritt, E.A. / Le Trong, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 405.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1df8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13265.336 Da / 分子数: 2 / 変異: S1045A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: T7 expression system / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / Density meas: 34.8 Mg/m3 / 溶媒含有率: 41.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, biotin, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.96→14 Å / Num. all: 135985 / Num. obs: 135985 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | 解像度: 0.96→0.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.602 / % possible all: 45 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DF8 解像度: 0.96→14 Å / Num. parameters: 19886 / Num. restraintsaints: 25548 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 4.0%. Entry 1LUQ contains the crystallographic model used for error analysis and model comparison as reported in Merritt et al. The final ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 4.0%. Entry 1LUQ contains the crystallographic model used for error analysis and model comparison as reported in Merritt et al. The final crystallographic model for this structure will be deposited separately under a different accession code.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 14 / Occupancy sum hydrogen: 1667.5 / Occupancy sum non hydrogen: 2128 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.96→14 Å
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拘束条件 |
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