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万見
- PDB-1lt7: Oxidized Homo sapiens betaine-homocysteine S-methyltransferase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lt7
タイトルOxidized Homo sapiens betaine-homocysteine S-methyltransferase in complex with four Sm(III) ions
要素BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / homocysteine metabolism / homocysteinemia / thiol alkyl transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homocysteine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase / amino-acid betaine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase activity / L-methionine salvage / amino-acid betaine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / Choline catabolism / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / protein methylation ...regulation of homocysteine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase / amino-acid betaine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase activity / L-methionine salvage / amino-acid betaine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / Choline catabolism / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / protein methylation / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Betaine-homocysteine S-methyltransferase, BHMT / Homocysteine-binding-like domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / SAMARIUM (III) ION / Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Evans, J.C. / Huddler, D.P. / Jiracek, J. / Castro, C. / Millian, N.S. / Garrow, T.A. / Ludwig, M.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Betaine-homocysteine methyltransferase: zinc in a distorted barrel.
著者: Evans, J.C. / Huddler, D.P. / Jiracek, J. / Castro, C. / Millian, N.S. / Garrow, T.A. / Ludwig, M.L.
履歴
登録2002年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
B: BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6748
ポリマ－89,6882
非ポリマー9866
水5,368298
1
A: BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
B: BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
B: BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,34716
ポリマ－179,3764
非ポリマー1,97112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area16140 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area45660 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.990, 90.085, 89.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE / BETAINE-HOMOCYSTEINE S-METHYLTRANSFERASE


分子量: 44844.020 Da / 分子数: 2 / 変異: P2A, C104A, C131A, C186A, C201A, C256A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTYB4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: Q93088, betaine-homocysteine S-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 200, sodium citrate, N,N-dimethylglycine, samarium (III) acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 5.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.0
35 mMbeta-mercaptoethanol1drop
410 mMDMG1drop
540 %PEG2001drop
60.1 Msodium citrate1droppH5.20
740 %PEG2001reservoir
80.1 Msodium citrate1reservoirpH5.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.845, 1.746
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.8451
21.7461
反射解像度: 2.15→100 Å / Num. all: 78638 / Num. obs: 78638 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.88 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Limit h max: 51 / Limit h min: 0 / Limit k max: 41 / Limit k min: 0 / Limit l max: 34 / Limit l min: -41 / Observed criterion F max: 324855.27 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 1.82 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Num. unique all: 7838 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 40062 / 冗長度: 3.7 % / Num. measured all: 148174
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 7403 9.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.218 77987 --
obs0.218 75110 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 100.343 Å2 / ksol: 0.491514 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.17 Å2 / Biso mean: 36.79 Å2 / Biso min: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.19 Å20 Å22.07 Å2
2---2.63 Å20 Å2
3---4.82 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
Luzzati d res high-2.15
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 30 298 5146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.172.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.15-2.250.2958699.90.24378870.019704875690.2
2.25-2.360.288449.30.22182340.019772907892.9
2.36-2.510.26693610.10.20283450.0099779928194.9
2.51-2.70.2459289.90.19184780.0089759940696.4
2.7-2.970.256949100.19485880.0089769953797.6
2.97-3.380.2359289.70.19186800.0089758960898.5
3.38-4.20.22898910.20.18787340.0079774972399.5
4.2-9.990.2539609.90.2287610.0089742972199.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2my_ion.parammy_ion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4citrate.cns.paramcitrate.cns.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.248
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.802
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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